Nach der Niederlage des patrizischen Regimes schuf die neue liberale Regierung von Bern 1834 eine Hochschule nach deutschem Vorbild. Die Universität Bern umfasste eine philosophische, medizinische, juristische und theologische Fakultät und fusste auf der Akademie, die 1805 aus der 1528 als Fakultät der freien Künste und der Theologie gegründeten Hohen Schule hervorgegangen war. Mit der Gründung strebten die Liberalen eine Ausbildungsstätte für eine loyal gesinnte Beamtenschaft an. 35 Dozenten, bestehend aus je 17 Deutschen und Schweizern sowie einem Franzosen, nahmen sich der rund 170 Studenten an, die fast ausnahmslos aus der Schweiz stammten. 1874 kam die christkatholisch-theologische Fakultät, 1900 die veterinärmedizinische Fakultät hinzu. 1885 zählte die Universität Bern gut 500, um 1900 rund 1000 Studierende, wobei vor allem Ausländer für das rasche Anwachsen verantwortlich waren. Die ersten Frauen an der Universität Bern stammten denn auch aus Russland und begründeten um 1870 das Frauenstudium. Die 1909 zur ausserordentlichen Professorin für Philosophie und Ästhetik ernannte Anna Tumarkin war als erste Professorin Europas berechtigt, Doktorierende und Habilitierende zu prüfen und im Senat Einsitz zu nehmen. Im selben Jahr erhielt Theodor Kocher, Ordinarius für Chirurgie, den Nobelpreis für Medizin. Ein Jahr zuvor hatte Albert Einstein die Lehrbefugnis für theoretische Physik erhalten. 1903 entstand das repräsentative Hauptgebäude auf der Grossen Schanze. 1912 erhielten die Wirtschaftswissenschaften eine eigene Abteilung innerhalb der juristischen Fakultät, die sich ab 1954 rechts- und wirtschaftswissenschaftliche Fakultät nannte. 1921 vollzog die philosophische Fakultät die Trennung in eine geistes- und eine naturwissenschaftliche Fakultät.
Mit dem Ausbruch des Ersten Weltkriegs verlor die Universität Bern den Grossteil ihrer ausländischen Studenten. 1930 zählte sie 1297 Studierende. Aufgrund seiner politischen Ansichten musste Gonzague de Reynold, Professor für französische Literatur, 1931 zurücktreten. In den 1930er Jahren wurden einige deutsche Professoren, die mit dem Nationalsozialismus sympathisierten, entlassen, unter anderem Walter Porzig, der 1935 seinen Berner Lehrstuhl mit jenem von Albert Debrunner in Jena tauschte. Während des Zweiten Weltkriegs führte die Universität Bern einen reduzierten Betrieb.
Das neue Universitätsgesetz von 1954 brachte keine Neuerungen. Ab 1958 stiegen die Studentenzahlen stetig, weitere Räumlichkeiten wurden benötigt und neue Institutionen geschaffen, unter anderem 1970 das Centre de formation du brevet secondaire. Gleichzeitig forderten die Studierenden im Zug der Achtundsechziger-Bewegung bildungspolitische Reformen. Doch weder die Reorganisationspläne der 1969 von der Regierung eingesetzten Expertenkommission noch der Verwaltungsentwurf von 1974 wurden realisiert. Eine von studentischer Seite eingereichte Volksinitiative scheiterte 1982, ebenso im selben Jahr eine Teilrevision des Universitätsgesetzes. Erst 1989 – zu diesem Zeitpunkt unterrichteten rund 330 Professorinnen und Professoren über 5000 Studierende – trat ein neues, minimal revidiertes Gesetz in Kraft. 1996 wurde die Universität Bern dank einer weiteren Gesetzesrevision in eine autonome Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit überführt. Die Zusammenarbeit und der Austausch unter den Schweizer Universitäten wurde vereinfacht. Auf der Basis der Bologna-Reform von 1999 folgten die Anpassungen an den europäischen Hochschulraum. 2001 fusionierte die christkatholische mit der evangelisch-theologischen Fakultät, während sich die wirtschafts- und sozialwissenschaftliche Fakultät von der rechtswissenschaftlichen Fakultät trennte. 2005 wurde die philosophisch-humanwissenschaftliche Fakultät, 2006 die Vetsuisse, eine gemeinsame veterinärmedizinische Fakultät der Universität Bern und Zürich, geschaffen. Mit dem Ausbau der Universität ging im Länggassquartier eine rege Bautätigkeit einher: 1993 wurde die Unitobler in der ehemaligen Schokoladenfabrik Tobler, 2005 die UniS auf dem Areal des alten Frauenspitals bezogen. 2007 übernahm die Universität Bern das Gelände der Maschinenfabrik von Roll. 2009 feierten die acht Fakultäten der Universität Bern mit über 14'000 Studierenden (53% Frauen, 12% Ausländer) und 350 Professorinnen und Professoren (17% Frauen, 45% mit ausländischer Staatsangehörigkeit) ihr 175-Jahr-Jubiläum.