Im 11. Jahrhundert wurde in Jerusalem ein Johannes dem Täufer geweihtes Hospital gegründet, in dem eine Laienbruderschaft Pilger und Kranke pflegte. In der Zeit der Kreuzzüge schlossen sich der Bruderschaft christliche Ritter an. Der Vorsteher der Gemeinschaft, Raimund du Puy, formulierte um 1130 eine erste Ordensregel. Ab 1137 übernahmen die Johanniter auch militärische Aufgaben und wandelten sich von einer Spitalbruderschaft zu einem geistlichen Ritterorden (um 1180 Ritterlicher Orden St. Johannis vom Spital zu Jerusalem). Gemäss ihrem Selbstverständnis erfüllten die Johanniter eine doppelte Aufgabe: Sie führten den Kampf für den christlichen Glauben und dienten den Kranken. Vom 12. Jahrhundert an breiteten sich die Johanniter über Europa aus und gründeten Niederlassungen, sogenannte Kommenden. 1309 bildeten sie auf Rhodos einen Staat nach dem Vorbild einer Adelsrepublik. Nach der Eroberung von Rhodos durch die Osmanen 1522 übergab ihnen Karl V. 1530 die Insel Malta. Der Orden hiess fortan Malteserorden. Die Ritter in Deutschland (Balley Brandenburg) schlossen sich in den 1530er Jahren der Reformation an und führten die ursprüngliche Bezeichnung Johanniter weiter. Seit 1834 residiert der Grossmeister des Malteserordens in Rom. Trotz Verlusts der Insel Malta (1798) hat der Orden seine Souveränität nie aufgegeben. Er wird von zahlreichen Staaten völkerrechtlich anerkannt und unterhält zu 50 Nationen diplomatische Beziehungen.
Im Gebiet der Eidgenossenschaft fassten die Johanniter vom Ende des 12. Jahrhunderts an Fuss. Wie in anderen Gebieten waren die Brüder eingeteilt in Ritter, Priester und dienende Brüder. Insgesamt entstanden 19 Kommenden, die zum Grosspriorat Deutschland bzw. Auvergne gehörten (mit Ausnahme der Kommende Contone, die zur Zunge Italien gehörte). Die Kommenden unterhielten häufig Hospize, in denen Pilger auf dem Weg ins Heilige Land Unterkunft fanden. Die Kommenden im Gebiet von Zürich (Bubikon), Bern mit der Waadt und Basel wurden in der Reformation verstaatlicht. In den katholischen Orten und im Kanton Aargau (Hohenrain, Leuggern, Klingnau) verlor der Malteserorden seine Niederlassungen zu Beginn des 19. Jahrhunderts, in Genf (Compesières) mit der Besetzung Savoyens durch Frankreich 1792.
Als Glied der Balley Brandenburg wurde 1937 in Bern die reformierte Vereinigung der Johanniterritter in der Schweiz gegründet und 1948 zur Genossenschaft erhoben; eine Satzungsänderung schuf 1975 die Schweizerische Kommende des Johanniterordens. Die Kommende ist heute in sechs Subkommenden gegliedert und zählt gut 100 Ritter (2006). Die 1961 gegründete katholische Helvetische Assoziation des Malteserordens (2006: 163 Ritter und Ordensdamen) ist der jahrhundertealten humanitären Tradition der Johanniter verpflichtet und unterhält den Malteser-Hospitaldienst (MHDS) in Genf.