3.1.1760 Bern, 10.8.1832 Aarburg, reformiert, von Bern. Sohn des Rudolf Sigmund (->). Louise Elisabeth Emilie von Ernst, Tochter des Hieronymus Friedrich von Ernst. Rudolf Niklaus von Wattenwyl genoss eine Ausbildung bei Hauslehrern und in einem Strassburger Institut. 1776-1784 verfolgte er eine militärische Karriere in niederländischem Solddienst. 1795 war er Landmajor im Regiment Thun. Im Stecklikrieg 1802 kommandierte er ein Oberländer Bataillon. 1805 wurde er Mitglied des eidgenössischen Generalstabs, dessen Schaffung zum Teil sein Werk war. 1805, 1809 und 1813-1814 vertraute ihm die Tagsatzung den Oberbefehl über die eidgenössischen Truppen an. Seine Pläne zur Zentralisierung des schweizerischen Heerwesens scheiterten am Widerstand der Kantone und Napoleons.
Seine politische Laufbahn begann Wattenwyl als Berner Grossrat 1795-1798. Er gehörte 1798 der provisorischen Regierung an und war 1803 Mitglied der Consulta in Paris. 1803-1829 versah er, im Wechsel mit Niklaus Friedrich von Mülinen, Christoph Friedrich von Freudenreich und Emanuel Friedrich von Fischer das Schultheissenamt. Ab 1827 war er das Haupt der Reformpartei. Bereits 1830 hatte er Kontakte zu den Schnell'schen Liberalen, denen er Wirtschaftsfreiheit, Steuererleichterungen und Abschaffung der Zensur als Konzessionen des Patriziats anbot. Er erwirkte am 6. Dezember 1830 die Ernennung einer grossrätlichen Kommission, welche die Wünsche des Volks ergründen sollte, lehnte aber die Wahl in den Verfassungsrat ab. Am 24. Juni 1831 reichte er einen eigenen Verfassungsentwurf ein, der auf einem Konzept Fischers basierte. Nach der Machtübernahme der Liberalen plädierte er vergeblich für eine loyale Mitarbeit des Patriziats im neuen Staat. Da er seine politischen Intentionen denen Mülinens und Abraham Friedrich von Mutachs ― der beiden anderen führenden Reformer in Bern ― nicht anpasste, blieb ihm die Mitgestaltung des liberalen bernischen Staats verwehrt. Seine historische Leistung besteht im unblutigen Übergang Berns vom Patrizier- zum Volksstaat.
1804 und 1810 leitete Wattenwyl als Landammann der Schweiz die über wenig Spielraum verfügende schweizerische Aussenpolitik. Sein Verhältnis zu Napoleon war kühl. Diplomatische Missionen zu ihm nach Chambéry, München und Paris zeigen Wattenwyl als geachteten Diplomaten, dennoch verlor er den Kampf gegen die Kontinentalsperre. Hinter seiner harten Haltung gegen die zürcherischen Rebellen im Bockenkrieg 1804 stand die Absicht, durch rasche Unterdrückung der Unruhe einer französischen Intervention zuvorzukommen. Trotz seiner spröden und gelegentlich wenig beweglichen Art genoss er in der Tagsatzung, die er 1817, 1823 und 1829 präsidierte, hohes Ansehen. Besitzer von Schloss Landshut. Ritter des königlich preussischen Roten Adlerordens.