Subventionen sind geldwerte Leistungen eines öffentlichen Gemeinwesens an Dritte mit dem Zweck, bestimmte politische Ziele zu erreichen. Die einzelnen Subventionsverhältnisse können sehr unterschiedlich geregelt sein. Im Einzelnen handelt es sich bei den Subventionen um Beiträge, Finanzhilfen, Investitionsbeiträge, Abgeltungen, Entschädigungen, Prämien, Kostenbeiträge, Betriebshilfen, Zinskostenzuschüsse, Darlehen, Stipendien oder Unterstützungen. Breit ist auch die Palette der Subventionssysteme. Leistungen sind gewährte Beiträge à fonds perdu, Darlehen, Bürgschaften oder Steuervergünstigungen und werden nach dem prozentualen Anteil der Kosten, als Pauschale, unter Berücksichtigung der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit des Beitragsempfängers oder unter Anrechnung von Leistungen Dritter bemessen. Subventionen gibt es in der Schweiz auf Bundes-, Kantons- und Gemeindeebene. Gemäss Staatsrechnung entfielen 2009 mehr als die Hälfte der Bundesausgaben auf Subventionen. Der Löwenanteil ging an die soziale Wohlfahrt (46%), gefolgt von den Bereichen Verkehr (17%), Bildung und Forschung (15%) sowie Landwirtschaft (11%). Subventionen bilden somit ein wesentliches Strukturelement des schweizerischen Bundesstaats.
Bei der Gründung des Bundesstaats 1848 enthielt die Bundesverfassung einen einzigen Subventionsartikel (Artikel 21), gemäss dem der Bund öffentliche Werke im Interesse des Landes (v.a. Strassenbau und Gewässerkorrektionen) unterstützte. Die Gebirgskantone Uri, Graubünden, Tessin und Wallis erhielten bereits in den 1850er Jahren Beiträge zur Finanzierung der wichtigen Passstrassen und in den 1860er Jahren wurden Subventionsbeschlüsse für die Rhein-, die Rhone- und die Juragewässerkorrektion gefällt. Später kamen weitere Subventionen für die Eisenbahnen (1871), die Berufsbildung (1884), die Landwirtschaft (1893), das Gesundheitswesen (1897) und die Primarschulen (1902) hinzu. Von 1848 bis 1914 dienten Bundessubventionen dazu, Unzulänglichkeiten des im jeweiligen Bereich nicht genügend ausgebauten Bundesstaats zu kompensieren. Subventionen waren ein vorzügliches Mittel zur Verhinderung der Verstaatlichung. In der zweiten Hälfte der 1930er Jahre wurden als Reaktion auf die Weltwirtschaftskrise bedeutende Beiträge zur Stützung der Exportindustrie (Hotellerie, Textil, Uhren, Exportrisikogarantie) sowie zur Rettung der Volksbank (1936) eingesetzt (Marktregulierung).
Das stetige Anwachsen des Subventionswesens seit der Gründung des Bundesstaats zeigt sich am direktesten am Anteil der Bundesbeiträge an den Gesamtausgaben. Betrug dieser 1870 noch 4,4%, so stieg er bis 1910 auf 24% an und erreichte 1936 mit 30% einen vorläufigen Höchststand. Für die zunehmende Bedeutung der Subventionen gibt es drei Hauptgründe: Die Notwendigkeit eines Ausgleichs zwischen Stadt und Land und eines Ausbaus der sozialen Sicherheit sowie der Ruf nach einer staatlichen Wirtschaftspolitik. Auch die gute Finanzlage des Bundes, begünstigt durch die positive Entwicklung der Zolleinnahmen, und die schlechte Finanzlage der Kantone infolge deren stark ausgebauter Staatstätigkeit – gepaart mit ungenügenden Steuereinnahmen – trugen zum Anwachsen der Subventionen bei (Öffentlicher Haushalt).
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden die Alters- und Hinterlassenenversicherung (1948) und die Invalidenversicherung (1960) geschaffen, die zu einem beträchtlichen Anteil durch den Bund subventioniert werden. Mit der Verankerung des bundesstaatlichen Finanzausgleichs in der Bundesverfassung 1958 (BV 1874 Artikel 41ter und 42ter, BV 1999 Artikel 135) wurden die Bundessubventionen an die Kantone zunehmend in den Dienst des Ausgleichs zwischen finanzstarken und finanzschwachen Kantonen gestellt. Ohne Subventionen wäre der Bundesstaat nicht mehr funktionsfähig. Grosse nationale Programme, wie etwa ab 1960 der Bau der Nationalstrassen und die Sanierung der Gewässer, hätten ohne den Einsatz hoher Bundessubventionen nicht realisiert werden können. Damit auch finanzschwächere Kantone mithalten konnten, wurden die Subventionssätze teilweise abgestuft bzw. nach der kantonalen Finanzkraft bemessen.
Obschon das Transfervolumen der Subventionen vom Bund an die Kantone ausgebaut wurde, konnten die Finanzdisparitäten zwischen den Kantonen nicht reduziert werden. Aus Kreisen der kantonalen Finanzdirektoren wurde die Kritik in den 1980er Jahren immer lauter, die Kantone würden zu reinen Vollzugsorganen des Bundes degradiert. Diese Kritik führte zu Beginn der 1990er Jahre zum Projekt Neuer Finanzausgleich (NFA), das rasch in ein gemeinsames Vorhaben des Bundes und der Kantone mündete. In der Volksabstimmung 2004 wurde die Föderalismusreform für die Neugestaltung des Finanzausgleichs und die Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen mit deutlicher Mehrheit angenommen und auf den 1. Januar 2008 von Bund und Kantonen auch auf Gesetzesstufe integral umgesetzt. Mit dem NFA wurden mehrere bestehende Verbundaufgaben getrennt bzw. entweder dem Bund (z.B. Nationalstrassen) oder den Kantonen (z.B. Behinderteninstitutionen) zugeteilt. Der Finanz- und Lastenausgleich zwischen ressourcenstarken und ressourcenschwachen sowie zwischen Berg- und Zentrumskantonen wird seither durch zweckfreie Ausgleichszahlungen im Vierjahresrhythmus von den eidgenössischen Räten festgelegt. Für die verbleibenden Verbundaufgaben (z.B. Wald, Landschafts- und Umweltschutz) wurden neue Instrumente der Zusammenarbeit geschaffen. Einen weiteren Beitrag zur Ordnung des Subventionswesens leistete das seit 1990 geltende Subventionsgesetz des Bundes. Dieses verlangt insbesondere eine periodische Überprüfung der Subventionen auf ihre Notwendigkeit, Zweckmässigkeit, Wirtschaftlichkeit und Wirksamkeit.