1524, 17.3.1594 Luzern, katholisch, von Luzern. Sohn des Leodegar, Kleinrats und Säckelmeisters, und der Elisabeth Kiel. Bruder von Jost (->) und Rudolf (->). Neffe von Jost (->) und Kaspar (->). 1) Anna von Wil, 2) 1551 oder 1552 Jakobea Segesser, von Mellingen, Witwe des Hans Fleckenstein, Grossrats, 3) 1592 Salome Bodmer, von Baden, Witwe des Caspar Murer, Hauptmanns aus Istein (Breisgau). 1551-1553 Landvogt zu Kriens und Horw, 1555-1557 im Entlebuch, 1558-1559, 1561-1563 und 1565-1567 zu Willisau. Ludwig Pfyffer begann seine politische Laufbahn 1548 als Luzerner Grossrat und stieg 1554 in den Kleinen Rat auf. Als Bannerherr war er ab 1565 auch Luzerns militärischer Führer. Ab 1553 in französischen Diensten wurde er 1557 und 1562 als Hauptmann erwähnt. Ab 1563 führte er als Oberst ein eigenes Regiment gegen die Hugenotten. Seine Leistungen 1567 beim Rückzug der königlichen Familie von Meaux nach Paris und 1569 in der Schlacht von Moncontour trugen ihm den Ruf des begabten Truppenführers ein. 1569 kehrte er nach Luzern zurück, um sich im Prozess um den Pfyffer-Amlehn-Handel zu verantworten, in dem sein Onkel Jost (->) der Hauptbeschuldigte war. Trotz Pfyffers Beteiligung an diesem verbotenen geheimen Schwurbündnis, konnte der Rat seine militärischen Erfolge nicht ignorieren und wählte ihn 1570 zum Schultheissen. 1571-1593 war er in regelmässigem Turnus Schultheiss und in dieser Stellung ab 1579 mehrmals Landvogt zu Knutwil. Als dominierender Luzerner Politiker förderte er unter anderem die Berufung der Jesuiten und den Bau des Kollegiums. Seine Absicht zur Trennung der schweizerischen Quart vom Bistum Konstanz führte 1586 zur Errichtung der ständigen Nuntiatur in Luzern. Unterstützt und beraten wurde Pfyffer vom Luzerner Stadtschreiber Renward Cysat. Über 250-mal vertrat er Luzern an der Tagsatzung. Als herausragender Führer der katholischen Orte beeinflusste er auf eidgenössischer Ebene alle Truppenwerbungen, militärischen Allianzen und Bündnisse (1577 mit Savoyen, 1586 den Goldenen Bund, 1587 mit Spanien), was ihm den Namen "Schweizerkönig" eintrug. War er zuerst ein Anhänger des französischen Königs, liessen ihn konfessionelle Beweggründe zur Katholischen Liga übertreten. 1585 führte er selbst ein Regiment gegen den französischen König Heinrich III. 1587 bildete das Bündnis mit Spanien seine endgültige Abkehr vom französischen König.
Vor und neben seiner politischen und militärischen Karriere handelte Pfyffer mit Tuch und Vieh, war an einer Salzhandels- und Gewerbegemeinschaft beteiligt und tätigte auch Geldgeschäfte. Grundlage für seinen Aufstieg bildeten die Pensionen, die er aus Frankreich, aber auch aus Savoyen, Spanien und vom Papst erhielt. Als eidgenössischer Gesandter auf dem Reichstag in Augsburg erhielt Pfyffer 1566 von Kaiser Maximilian II. ein Adelsdiplom. 1571 kaufte er vom Deutschen Orden die Herrschaft Altishofen, vergrösserte sie und liess das heute noch bestehende Schloss bauen. 1588 erwarb er von der Familie Feer das Wasserschloss Wyher bei Ettiswil. Ludwig Pfyffer von Altishofen hinterliess mit über 340'000 Gulden wohl eines der grössten Vermögen der damaligen Eidgenossenschaft. Ritter des St.-Michael-Ordens.