1597 vermutlich Klingnau,15.2.1661 Altdorf (UR), katholisch, von Altdorf, Schwyz (bis Zwyerhandel), ab 1644 wahrscheinlich von Bremgarten und ab 1653 von Luzern (bis Zwyerhandel). Sohn des Andreas Zwyer von Evebach, Rats des Bischofs von Konstanz sowie Obervogts von Kaiserstuhl und von Klingnau. 1620 Maria Ursula von Roll, Tochter des Johann Peter von Roll. Schwager des Johann Peter von Roll. Sebastian Peregrin Zwyer muss, an seinen späteren Schriften gemessen, eine sorgfältige Erziehung genossen haben. 1612-1617 war er im spanisch-mailändischen Regiment des Johann Konrad von Beroldingen, 1619-1642 im militärischen Dienst des Kaisers (Fremde Dienste). Um 1620 wurde er bischöflicher Obervogt von Kaiserstuhl und Klingnau. In diesem Jahr nahm er als Major an der Schlacht am Weissen Berg (Dreissigjähriger Krieg) teil. 1624, als Oberstleutnant, wurde er in der Schlacht bei Glückstadt (Holstein) verwundet; 1630 befand er sich im kaiserlichen Heer unter Matthias Gallas, das Mantua eroberte und plünderte. Verschiedene diplomatische Missionen in kaiserlichem Auftrag führten Zwyer nach München und in die Eidgenossenschaft. 1632 stieg er zum kaiserlichen Rat und Kammerherrn auf. 1633 half er als Kommandant der vier Waldstädte, die bedrohte Festung Breisach am Rhein zu retten. 1634 begleitete er als Berater des spanischen Kardinal-Infanten Don Ferdinand dessen Heer von Kufstein in die spanischen Niederlande und beteiligte sich an der Schlacht bei Nördlingen. 1635 wurde er zum Generalmajor und Mitglied des höchsten Kriegsrats befördert, 1636 mit der Armeereform nach schwedischem System betraut. Zwyer warb 1638 für den spanisch-mailändischen Dienst auf eigene Rechnung ein Regiment, das er bis zur Abdankung 1641 auf dem oberitalienischen Kriegsschauplatz führte (Militärunternehmer). Er kehrte in österreichische Dienste zurück und schloss 1642 seine Solddienstkarriere als Feldmarschall-Leutnant ab.
Fortan widmete sich Zwyer ausschliesslich der politisch-diplomatischen Tätigkeit. 1643 übertrug ihm der Kaiser die Aufgabe eines inoffiziellen österreichischen Agenten in der Eidgenossenschaft. Zwyer wurde in Uri politisch tätig und war 1644-1658 Gesandter an die Tagsatzung, 1645-1647 Statthalter, 1647-1651, 1657-1659 Landammann sowie 1648 Landeshauptmann. Bis zum Westfälischen Frieden 1648 war er bestrebt, den französisch-schwedischen Druck auf die Rheingrenze zu vermindern. Während der Verhandlungen in Westfalen unterstützte er Johann Rudolf Wettstein in dessen Bemühungen um die Ablösung der Eidgenossenschaft vom Reich. Danach versuchte Zwyer, auf die verschiedenen innereidgenössischen konfessionellen Streitigkeiten (Konfessionalismus) sowie auf die Stadt-Land- bzw. Herrschaft-Untertanen-Gegensätze dämpfend einzuwirken (Soziale Konflikte, Obrigkeit, Untertanen) und die eidgenössische Politik vermehrt zugunsten Österreichs auszurichten. Er scheute dafür weder Arbeit noch Geldauslagen oder Reisen (Wien, Regensburg, Innsbruck, Turin, Mailand). So konnte er etwa die Bündniserneuerung mit Frankreich über Jahre hinweg verzögern, wenn auch nicht verhindern (Allianzen). 1653 wurde er zum Ritter geschlagen, 1658 zum Reichsfreiherrn erhoben. Der Bauernkrieg von 1653 sah Zwyer als Kommandanten der Luzerner Truppen, was ihm das Bürgerrecht Luzerns als «Retter der Stadt» einbrachte. Allerdings reichte sein politischer Einfluss auf Katholiken wie Reformierte nicht aus, um den Ersten Villmergerkrieg 1656 zu verhindern. Zwyer kommandierte die Abwehr des zürcherischen Angriffs auf Rapperswil, war aber nicht zu bewegen, offensiv vorzugehen. Dies und der von Sigmund von Erlach ausgestellte Schutzbrief für sein 1644 erworbenes Schloss Hilfikon erhob den Verdacht eines geheimen Einverständnisses mit den Evangelischen, der sich bald zu offener schwyzerischer Anklage auswuchs. Der daraus entstehende Zwyerhandel entzweite 1656-1661 die ganze Eidgenossenschaft. Er wurde weniger wegen Zwyers angeblichem Verschulden zur Staatsaffäre. Vielmehr hoffte die französische Partei, seine innereidgenössische Macht zu brechen.
Sebastian Peregrin Zwyer von Evebach war gebildet, weltmännisch und standesbewusst. Er bewegte sich mühelos auf demokratischem wie aristokratischem, lokalem wie internationalem Parkett. Als barocke Persönlichkeit mit militärischem, diplomatischem und politischem Weitblick konnte er streng katholisch, aber doch tolerant gegenüber Protestanten sein, sich als Patriot bezeichnen und gleichzeitig als Agent einer fremden Macht wirken. Er gehörte neben Wettstein oder von Erlach zu den einflussreichsten Staatsmännern des 17. Jahrhunderts.