Leiter und Verantwortlicher einer Apotheke (griechich-lateinisch apotheca = Lager, Magazin), d.h. einer medizinalen Einrichtung, in der Arzneimittel hergestellt, kontrolliert und (bei Rezeptpflicht nach ärztlichem Rezept) abgegeben werden (Pharmazie). Der Apotheker hat dafür zu sorgen, dass alle seine Heilmittel von einwandfreier Beschaffenheit sind. Er ist ein wichtiges Glied im Gesundheitswesen.
Der Klosterplan von St. Gallen (um 820) sah ein armarium pigmentorum als Arbeitsort des Klosterapothekers vor. In der Schweiz ist der Apothekerberuf zum ersten Mal um 1270 in Basel und Genf nachgewiesen. Als erste Apotheker-Ordnung in schweizerischem Gebiet ist der Basler Apotheker-Eid aus dem Zeitraum 1271-1322 überliefert. Er legte die Trennung zwischen Arzt und Apotheker wie auch die Visitation der Apotheke durch den Arzt fest. Die meisten Schweizer Städte haben Verordnungen zur Berufsregulierung erlassen. Dazu gehörten Vorschriften bezüglich Ausbildung, die Nutzung offizieller Sammlungen wie das in Salerno verfasste Antidotarium Nicolai (erste Hälfte des 12. Jh.), die Inspektion von Apotheken und die Einhaltung der festgelegten Arzneimittelpreise. Die Basler Verordnung von 1404 enthält eine Arzneitaxe, welche über die zeitgenössischen Heilmittel informiert. Zwischen 1423 und 1426 folgten Verordnungen, die erstmals Hinweise auf zu haltende Fachliteratur bringen. Als vorwiegend handwerklicher Beruf waren die Apotheker in den Städten des Spätmittelalters und der frühen Neuzeit einer verwandten Zunft (z.B. Krämer, Kaufleute, Safran) angeschlossen. Die Basler Apotheker gehörten der Safranzunft an. Zu dieser zählten von 1336 an auch die Apotheker der Stadt Zürich. Deren Ordnung regelte unter anderem die Ausbildung: die drei- oder mehrjährige Lehrzeit (mit oder ohne Prüfung), anschliessend zwei bis vier Gesellenjahre, danach Meisterstück und Prüfung. Die Zulassung zur Ausübung des Berufs wurde hingegen von den Behörden erteilt. Im Gegensatz zu ihren Kollegen in Basel und Bern gehörten die Apotheker in Zürich und Genf zur Berufsgruppe der Ärzte und spielten auch eine wichtige Rolle im Handel, in der Politik sowie im Wirtschaftsleben ihrer Stadt.
In Zürich verfasste im 15. Jahrhundert Hans Minner das früheste Werk über Heilpflanzen in der Schweiz. Die Apotheker-Familie Schwarzmurer, Inhaber der seit 1350 bezeugten ältesten Apotheke Zürichs, lebte nicht nur von den Erträgen ihrer Offizin, sondern betrieb auch einen regen transalpinen Grosshandel mit verschiedensten Produkten. Die erste Berner Ordnung datiert von 1431; die Rathausapotheke ist die älteste der Stadt. Noch zu Beginn des 18. Jahrhunderts gab es in Bern und seinen Untertanengebieten keine Vorschriften zur Führung einer Apotheke. Erst gegen Ende des Jahrhunderts wurden im ganzen bernischen Staatsgebiet strenge Weisungen erlassen; in der Waadt 1789 die "Ordonnance pour les Apothicaires du Pays-de-Vaud". Darin waren die Einrichtung der Apotheke und die Pflichten eines Apothekers genau umschrieben. In Genf waren dem 1569 erlassenen Medizinalgesetz auch die Apotheker unterstellt. Auch in zahlreichen kleineren Städten entstanden, vor allem im 16. Jahrhundert, Apotheken, unter anderem 1512 Baden, 1520 Sitten, um 1530 Aarau, 1553 Schaffhausen. Allgemein war im Spätmittelalter und in der frühen Neuzeit die Zahl der Apotheken nirgends obrigkeitlich beschränkt. Auf dem Lande wurde die Tätigkeit des Apothekers indes, ausser in Klosterapotheken, kaum ausgeübt. Erste Spitalapotheken wurden 1810 in Zürich, 1826 in Bern und 1882 in Lausanne eingerichtet. Das bernische Wehrwesen verfügte bereits 1589 über einen Feldapotheker. 1910 wurde die Stelle des Armeeapothekers geschaffen.
Bis zum Ende des 18. Jahrhunderts war die Apotheke zugleich eine Stätte wissenschaftlicher Bildung und Forschung. Danach wurde diese Funktion in der Schweiz allmählich von Hochschulen (z.B. Akademie Bern 1797-1798) übernommen. In Letzteren wurden Vorlesungen über Medizin, Botanik und Chemie abgehalten, die die handwerkliche Ausbildung ergänzten. Bis zum Bundesgesetz über die Medizinalberufe von 1877, die eine universitäre Ausbildung zum Apotheker vorschrieb, kannte man nur kantonale Apotheker-Prüfungen. Im selben Jahr sah auch das Reglement der Eidgenössischen Technischen Hochschule (ETH) ein Pharmazie-Diplom vor. Die ersten Studentinnen wurden zu Beginn des 20. Jahrhunderts aufgenommen; ihr Anteil stieg rapide an und erreichte um 1940 etwa 50%. Bis zur Bologna-Reform konnte das Pharmaziestudium sowohl nach dem vierten Studienjahr mit dem Diplom der jeweiligen Hochschule in pharmazeutischen Wissenschaften als auch nach dem fünften Studienjahr mit dem Staatsexamen abgeschlossen werden. Seit Anfang des 21. Jahrhunderts können pharmazeutische Wissenschaften integral an den Universitäten Genf und Basel sowie an der ETH Zürich studiert werden. Das Studium kann in zwei Stufen abgeschlossen werden: Die ersten drei Jahre führen zum Bachelor. Nach einem weiteren Jahr folgt der Abschluss des Masterstudiengangs mit Industrieausrichtung, oder nach zwei Jahren jener mit dem Eidgenössischen Diplom für Apothekerinnen und Apotheker. Bis 2004 hat auch die Universität Lausanne diesen Studiengang angeboten. Seit der Gründung der Pharmazeutischen Schule Genf-Lausanne (Ecole de pharmacie Genève-Lausanne, EPGL) können die Studierenden das erste Studienjahr in Lausanne oder Neuenburg und den Rest ihres Studiums in Genf absolvieren.
Im 19. Jahrhundert lösten Berufsverbände die Zünfte ab. Kantonale Apothekervereine entstanden zum Beispiel im Aargau 1840, in Basel 1862, in Zürich 1868 und in der Waadt 1873. 1843 gründete Ernst Friedrich Theodor Hübschmann den Schweizerischen Apothekerverein als gesamtschweizerische Standesorganisation. Seit 1947 besteht die Gesellschaft schweizerischer Amts- und Spitalapotheker, seit 1956 die Gesellschaft schweizerischer Industrieapotheker und seit 1957 die Schweizerische Gesellschaft für Geschichte der Pharmazie. Im schweizerischen Bundesstaat untersteht der Apothekerberuf den Bedingungen von Artikel 95 der Bundesverfassung und dem Bundesgesetz über die universitären Medizinalberufe von 2006.