1980 von René Hochuli als bäuerl. Oppositionsgruppierung gegründet, suchte die VKMB nach neuen inhaltl. und bündnispolit. Lösungen, um die staatl. Subventionen an die Landwirtschaft auf bäuerl. Betriebe einzuschränken und mit einer Differenzierung der Preisstützungen eine gleichmässigere Verteilung auf alle Landwirtschaftsbetriebe zu bewirken. Deshalb lancierte die VKMB 1983 zusammen mit der Firma Denner, die eine Liberalisierung der Einfuhrregelung anstrebte, die sog. Kleinbauern-Initiative, die 1989 ganz knapp abgelehnt wurde.
Während die Zweckallianz mit dem Grossverteiler den Tod Hochulis überdauerte, gaben seine Nachfolger das Postulat der Preisdifferenzierung Ende der 1980er Jahre auf und setzten sich ― im Gegensatz zum Schweizerischen Bauernverband ― für Direktzahlungen anstelle der Preisstützungen ein. Ein grosser Teil der nie mehr als 3'000 Mitglieder umfassenden bäuerl. Basis machte diese Neuorientierung allerdings nicht mit. Dafür gewann die VKMB zu Beginn der 1990er Jahre ausserhalb der Landwirtschaft immer mehr Unterstützung und zunehmend auch Einfluss auf die Neuausrichtung der staatl. Agrarpolitik. Die 1993 eingereichte 2. Kleinbauern-Initiative erstrebte Direktzahlungen nur für ökologisch wirtschaftende Klein- und Mittelbetriebe und Beseitigung der staatl. Marktinterventionen, wurde 1998 aber deutlich abgelehnt.