11.5.1542 Schloss Rosenberg (Gemeinde Berneck), 18.4.1608 Pruntrut, katholisch. Sohn des Wilhelm, fürstäbtisch-sankt-gallischen Obervogts auf Rosenberg, und der Helena von Hallwyl. Bruder des Wolfgang Dietrich (->). Neffe des Diethelm (->). 1557-1559 Studium in Freiburg im Breisgau beim Humanisten Glarean, Bakkalaureus Artium. 1555 Exspektanz im Domkapitel Konstanz, 1559 Domherr, 1570 Archidiakon. 1561 Exspektanz im Basler Domkapitel. Am 22. Juni 1575 einstimmige Wahl zum Bischof von Basel, am 4. Mai 1576 Bestätigung durch Papst Gregor XIII., darauf Priester- und am 10. Februar 1577 Bischofsweihe, am 15. November 1577 kaiserliche Investitur.
Die Huldigungsreise hatte Blarer bereits im August 1575 angetreten. Von 1576 an plante er ein Bündnis mit den katholischen Eidgenossen, um bei der Wiederherstellung der fürstbischöflichen Macht im eigenen Gebiet ihre politische Unterstützung zu gewinnen. Nach kostspieligen Verhandlungen und unter Vermittlung Ludwig Pfyffers von Altishofen sowie der Nuntien Feliciano Ninguarda und Giovanni Francesco Bonomi wurde der gegenseitige Beistandspakt am 28. September 1579 in Luzern unterzeichnet und am 11. Januar 1580 in Pruntrut beschworen. Damit war die Ausgangsbasis für Blarers Ziele geschaffen: Rekatholisierung der Untertanen, Verhinderung weiterer und Abschaffung bestehender Burgrechte, Rückgewinnung versetzter Herrschaften inner- und ausserhalb der Stadt Basel sowie Restitution des Kapitelbesitzes. Nach Pruntrut begann Blarer mit der Rekatholisierung der deutschsprachigen Vogteien, die teils mit Basel verburgrechtet waren. Der dadurch entstandene Konflikt zwischen Basel und Blarer wurde vor einem eidgenössischen Schiedsgericht ausgetragen und 1585 im Vertrag von Baden beigelegt. Darin wurden die Burgrechtsverträge Basels mit dem Laufen- und dem Delsbergertal sowie den Freibergen de facto aufgelöst. Die Stadt hatte für ehemals bischöfliche Besitzungen eine hohe Entschädigung (200'000 Gulden) zu bezahlen, und in Glaubensangelegenheiten galt fortan der Grundsatz cuius regio, eius religio. Bereits 1590 waren die deutschsprachigen Vogteien wieder katholisch. Ein ähnlicher Vertrag kam 1599 mit Bern zustande (Bieler Tauschhandel): Biel sollte an Bern abgetreten werden, dafür wollte Bern unter anderem auf das Burgrecht mit der Propstei Moutier-Grandval verzichten. Die Durchführung scheiterte am Widerstand der katholischen Orte. Erst im Vertrag von 1606 wurden die Probleme mit Biel beigelegt: Die Stadt leistete den Treueeid, ihr Einfluss in der Herrschaft Erguel wurde auf das Mannschaftsrecht eingeschränkt und der Burgrechtsvertrag mit der Abtei Bellelay aufgehoben. In den südlichen Vogteien blieben die Rekatholisierungsversuche Blarers erfolglos.
Die gezielte Reform des Klerus begann Blarer 1581 mit der Verkündigung neuer Diözesanstatuten auf der Synode in Delsberg. Zwei Visitationsreisen (1586-1590, 1601-1604) hatten die Feststellung und Behebung von Missständen in den Pfarreien der Diözese zum Ziel. Mit neuen liturgischen Büchern suchte Blarer die Bildung des Klerus zu verbessern. Auch die Offizialität in Altkirch (Elsass) wurde einer Reform unterzogen. Zur Rekrutierung und Ausbildung neuer Priester gründete er in Pruntrut 1591 ein Jesuitenkolleg und 1606 ein Priesterseminar. Letzteres kam allerdings nie richtig zur Blüte und verschwand nach wenigen Jahrzehnten. Von 1595 an unternahmen die Jesuiten des Kollegs mit grossem Erfolg Volksmissionen in der Diözese.
Hatte der Vertrag von Baden zur Sanierung der zerrütteten wirtschaftlichen Lage des Fürstbistums beigetragen, so suchte Blarer nun mit straffer Nutzung seiner Regalien einer erneuten Verschuldung vorzubeugen. Mit der Wiederinbetriebnahme und dem Ausbau der Bergwerke und Eisenschmieden in Courrendlin, Undervelier und Bellefontaine (Saint-Ursanne) schuf er neue Einnahmequellen. Von 1589 an liess er eigenes Geld prägen. Mit allen Mitteln, so auch mit der Eröffnung einer Druckerei und der Erweiterung seiner Residenz in Pruntrut, baute er seine landesherrliche Macht aus. Jakob Christoph Blarer von Wartensee gilt als der Restaurator des darniederliegenden Basler Fürstbistums und als einer der profiliertesten Vertreter der katholischen Reform in der Schweiz.