Im Kanton Aargau wirkte in den 1830er Jahren, zur Zeit der Regeneration, eine knappe reformierte Mehrheit mit einflussreichen liberalen und radikalen Katholiken zusammen. Im Geist der Helvetik (1798) und der Badener Artikel (1834) stellte der Grosse Rat 1835 die Klöster vollständig unter staatliche Verwaltung, nachdem die Regierung kurz zuvor die Aufnahme von Novizen verboten und die Klosterschulen aufgehoben hatte. Für die in der liberalen Verfassung von 1831 vorgeschriebene Verfassungsrevision nach zehn Jahren verlangten die konservativen Katholiken (Bünzer Komitee 1839) vor allem die Beibehaltung der Parität und (in Kirchen- und Schulfragen) konfessionell getrennt tagende Grossratskollegien. Die liberal-radikalen Kräfte hingegen erstrebten eine Vereinheitlichung und die völlige Integration der Minderheiten in den Staat. Ein erster Verfassungsentwurf wurde 1840 – aus unterschiedlichen Gründen – von radikaler wie von konservativer Seite wuchtig abgelehnt. Nachdem der Grosse Rat den Grundsatz der Parität für die Legislative gestrichen hatte, wurde die revidierte Verfassung am 5. Januar 1841 vom Volk mit 58% angenommen. Um allfälligen Unruhen vorzubeugen, liess die Regierung das Bünzer Komitee verhaften. Die dadurch erst recht aufgebrachten konservativen Freiämter Katholiken boten den Landsturm auf, wurden jedoch von Regierungstruppen bei Villmergen geschlagen. An der Sitzung des Grossen Rats vom 13. Januar 1841 forderte der radikale Katholik Augustin Keller in einer programmatischen Rede die Aufhebung aller aargauischen Klöster wegen Fortschrittsfeindlichkeit und Aufruhr. Dem Antrag wurde mit 115 zu 19 Stimmen (bei 9 Enthaltungen) zugestimmt. Vom Beschluss waren acht Klöster (u.a. Muri, Wettingen, Fahr) betroffen. Das zum Staatsgut erklärte Vermögen der Klöster mag für breite Kreise des Volkes im Vordergrund gestanden haben, weniger aber bei den treibenden Kräften der Aufhebung. Die eidgenössische Tagsatzung erklärte den Aufhebungsbeschluss jedoch als unvereinbar mit dem Bundesvertrag von 1815, der in Artikel 12 den Fortbestand der Klöster garantierte. Nach langen Auseinandersetzungen stimmte der aargauische Grosse Rat der Wiederherstellung der vier Frauenklöster zu, worauf die konfessionell nicht minder gespaltene Tagsatzung am 31. August 1843 mit zwölf und zwei halben Stimmen die Klosterfrage für erledigt erklärte. Die konfessionellen Spannungen, die wenig später zum Sonderbund führten, waren dadurch allerdings keineswegs beseitigt.