spätestens 1520, 27.9.1590 Appenzell (Rhode Schwende), katholisch; Sohn des Joachim, Landschreibers, Enkel des Hans (->). 1) Anna Gartenhauser, 2) Barbara Zimmermann, 3) Barbara Scheuss, 4) Anna Mutscheller, verwitwete Stadler. 1543-1553 Landschreiber. 1553-1587 achtmal regierender Landammann von Appenzell, 1570 Landesfähnrich und Kirchenpfleger. Fast 90-mal Tagsatzungsgesandter. Joachim Meggeli schaffte 1560 Missstände in der Laienverwaltung des Klosters Wonnenstein ab und sicherte so dessen Überleben. Er leitete die Verhandlungen mit der Fürstabtei St. Gallen, die zur Ablösung des Leibfalles 1566 führten. Auf seine Initiative wurde 1570 in Appenzell ein Taufbuch angelegt sowie 1584 der gregorianische Kalender eingeführt, der allerdings in den äusseren Rhoden nur bis zum Kalenderhandel 1589-1590 in Kraft blieb. Meggeli berief die Kapuziner nach Appenzell und liess ihnen ein Kloster bauen (1587-1590). 1587-1588 verschärfte der Rat auf sein Betreiben das Kirchhöreprinzip, sodass Reformierte im Inneren Landesteil katholisch werden oder wegziehen mussten. Zudem drängte Meggeli auf einen Beitritt zum Goldenen Bund, der 1600 erfolgte. 1588 trat Appenzell dem spanischen Bündnis bei, was scharfe Reaktionen in den äusseren Rhoden nach sich zog.
Meggeli gehörte mit Bartholomäus Dähler und Johannes von Heimen zum sogenannten Dreigestirn einer neuen kämpferischen Generation in Appenzell, die nach Mitte des 16. Jahrhunderts die Reform der Kirche und die gegenreformatorischen Auseinandersetzung mit dem konfessionellen Gegner suchte. Nach den Dorfbränden von Herisau (1559) und Appenzell (1560) wirkte Joachim Meggeli auch als Dorfbaumeister und -planer. In Appenzell realisierte er den Neubau des Schiffes der Pfarrkirche und des Rathauses sowie den Bau seines an dieses angebauten Wohnhauses.