Die Frey stammen ursprünglich aus Mellingen, wo Mitglieder der Familie ab Ende des 15. Jahrhunderts oftmals urkundlich in der Funktion des Schultheissen erwähnt werden. Begründer der Basler Linie ist Hans Rudolf (ca. 1475-1550), der 1501 nach Basel einwanderte und dort als Tuchherr tätig wurde. Seine Nachkommen werden vom 17. bis zum 19. Jahrhundert mehrfach als Professoren, Offiziere im französischen Dienst, Basler Stadträte und Bürgermeister aktenkundig. In den Wirren von 1833 zwischen Stadt und Landschaft Basel stellte sich der Jurist Emil Remigius (1803-1889) auf die Seite der Landschaft, während sein entfernter Verwandter Johann Rudolf Bürgermeister der Stadt war. Mit Bundesrat Emil erreichte das politische Engagement der Basler Frey ihren Höhepunkt.