Familie des Luzerner Patriziats, die sich in die Hauptzweige von Altishofen bzw. von Heidegg, von Mauensee, zu Neueck und von Wyher unterteilt. Stammvater war der Schneider, Tuchhändler und Krämer Hans (1540) von Rothenburg, der um 1483 das Luzerner Bürgerrecht erhielt und ab 1489 im Grossen Rat, ab 1513 im Kleinen Rat sass. Von seinen sieben Söhnen erreichten drei höhere politische Ämter (Säckelmeister Leodegar, Schultheiss Jost -> und Kleinrat Kaspar). Obwohl Jost und sein Neffe Ludwig (->) wegen ihrer Beteiligung am geheimen Pfyffer-Amlehn-Handel 1569 angeklagt wurden, konnte die Familie ihre Machtposition mit Ludwig als Schultheiss weiter stärken. Um 1600 stellte sie gleichzeitig sieben Grossräte und sieben Kleinräte und baute diese Vertretung im 17. Jahrhundert aus. Im Ancien Régime erreichte die Familie fünfmal das Schultheissenamt (->, ->, ->, -> und ->). Dank der Familiengrösse und der Verzweigung in mehrere Linien konnten die Pfyffer die einschränkenden Bestimmungen über die Ratszugehörigkeit umgehen. Dieser Umstand, die Solddienste und die Stellung als Pensionenausteiler begünstigten den Reichtum und die Vormachtstellung der Pfyffer. Neben zahlreichen Offizieren in fremden Diensten (z.B. ->, ->, -> und ->) stellte die Familie 1652-1982 11 von 19 Kommandanten der päpstlichen Schweizergarde in Rom, zum Beispiel Franz Ludwig (->). In der Schweizer Armee erreichten Alphons (->) und Hans (->) führende Stellungen; beide waren zudem erfolgreiche Hoteliers. Kasimir (->) und Eduard (->) zählten im 19. Jahrhundert zu den bedeutendsten liberalen Politikern Luzerns. Andere Mitglieder der Familie waren in kulturellen und wissenschaftlichen Belangen erfolgreich (z.B. ->, ->, -> und ->).
Die Linien der Familie nannten sich nach ihren Gütern: Ludwig (->) erwarb 1571 die Herrschaft Altishofen. Die Erbschaftsfolge als Majorat wurde 1839 aufgehoben und das Schloss 1859 verkauft. Derselbe Ludwig kaufte 1588 auch das Schloss Wyher (Gemeinde Ettiswil), das bis 1837 im Besitz der Pfyffer von Wyher und der Pfyffer von Altishofen blieb. Franz Heinrich Pfyffer von Altishofen erwarb 1664/1665 die Herrschaft Heidegg (Schloss nahe Gelfingen), die einer neuen Linie ihren Namen gab und 1664-1700 sowie 1875-1950 zu ihrem Besitz gehörte. Die Insel und das spätere Schloss Mauensee (1605-1610 erbaut) gehörten vom 16. Jahrhundert bis 1640 mit Unterbrechungen ebenfalls zum Familienbesitz. Die Herrschaft Buttisholz wurde 1775 von der Familie Feer als Fideikommiss an die Pfyffer von Altishofen vererbt, weshalb sich in der Folge die Kommissherren Pfyffer-Feer nannten. Schloss Buttisholz war auch zu Beginn des 21. Jahrhunderts noch im Besitz der Familie. Kaspar (->) erhielt 1559 von König Franz II. einen Adels- und Wappenbrief, Jost (->) 1563 von König Karl IX., Ludwig (->) 1566 von Kaiser Maximilian II. und Jost (->) 1577 von König Heinrich III.