Ein slowakischer Staat entstand erstmals am 14. März 1939, kurz bevor die übrigen Gebiete der Tschechoslowakei von Deutschland annektiert worden waren. Am 19. April 1939 wurde die Slowakei von der Schweiz anerkannt. Die slowakische Gesandtschaft wurde in Bern am 27. Februar 1940, das schweizerische Generalkonsulat in Bratislava am 3. Februar 1942 errichtet. Die beiden Länder nahmen sofort wirtschaftliche Beziehungen auf. Die Schweiz exportierte Maschinen, Kriegsmaterial, Präzisionsinstrumente, chemische und pharmazeutische Produkte, Textilien, Uhren, Käse und Schokolade. Der slowakische Staat lieferte Mangelware wie Holz, Holzkohle, Zement, Eisen, Maschinenöle, Futtermittel, Zucker oder Malz. Der Handelsaustausch wurde bis zum Kriegsende aufrechterhalten. Da die Arisierungsprozesse in der Slowakei 1942 Handelsverluste verursachten, wurden 70 bis 80 jüdische Handelspartner mit schweizerischen Schutzbriefen ausgestattet. Nach Ausbruch des slowakischen Nationalaufstands im August 1944 wurden die meisten in deutsche Konzentrationslager deportiert. Am 27. Februar 1945 beschloss der Bundesrat, die diplomatischen Beziehungen mit der Slowakei abzubrechen und selbige mit der tschechoslowakischen Exilregierung in London aufzunehmen. Die am 5. April 1945 wiedererrichtete Tschechoslowakei spaltete sich am 1. Januar 1993 in die Tschechische und die Slowakische Republik, die beide von der Schweiz an diesem Datum anerkannt wurden. In der Übergangsphase der 1990er Jahre war die Slowakei ein Schwerpunkt der Schweizerischen Osthilfe. Die Schweizer Botschaft in Bratislava besteht seit 1999, die Slowakei betreibt eine Botschaft in Muri bei Bern sowie ein Konsulat in Zürich. 2010 waren 32 bilaterale Verträge in Kraft. Schweizer Firmen wie Nestlé oder Vetropack betreiben in der Slowakei Niederlassungen. Die kulturellen Beziehungen zwischen der Schweiz und der Slowakei sind intensiv. In der Schweiz waren 2009 5589 Slowaken niedergelassen, während 294 Schweizer in der Slowakei lebten.