Generell wird unter Naturheilkunde eine naturgemässe Medizin verstanden, die sich durch die erstrangige Anwendung naturnaher Heilkräfte (Licht, Luft, Wasser, Diätetik und Körperübungen) sowie direkt in der Natur vorkommender Wirkstoffe (etwa Heilpflanzen und Mineralien) und nicht zuletzt auch durch psychosomatisch-bioenergetische Heilmethoden (wie etwa Meditation und Heilmagnetismus) von der naturwissenschaftlichen Medizin abgrenzt. Letztere stellt die Schulmedizin dar, also die an den Universitäten vermittelte offizielle Lehrmeinung. Im Sinne von Naturgesetzlichkeit beruft sich diese ebenfalls auf die Natur, ist gegenwärtig aber mehrheitlich materiell-technisch orientiert (chemisch-synthetische Arzneien, Chirurgie usw.).
Die Naturnähe der Naturheilkunde ist meist mit dem Anspruch verbunden, primär regulativ, das heisst durch Anregung der körpereigenen Heilkräfte, auf den Organismus einzuwirken. Dies steht ebenfalls im Gegensatz zur Schulmedizin, welche zwar immunstimulierende Verfahren wie die Impfung auch kennt, sonst aber mehrheitlich symptombekämpfende Massnahmen einsetzt. Der schärfste Gegensatz zur Schulmedizin ergibt sich jedoch aus der in der Naturheilkunde sehr verbreiteten Modellvorstellung, dass eine immateriell-feinstoffliche, den ganzen Körper durchströmende Lebenskraft der materiellen Biologie des Organismus übergeordnet ist und als direkt mit der Psyche gekoppeltes sowie stets als Ganzheit funktionierendes Regulationssystem primär für die Erhaltung der Gesundheit verantwortlich ist (bioenergetische Ganzheitsmedizin).
Erst die im Zuge der Aufklärung einsetzende, technisch-industrielle Revolution der letzten zweihundert Jahre machte eine klare Unterscheidung von Naturheilkunde und naturwissenschaftlicher Medizin möglich. Als Vorkämpfer setzte der Arzt Paracelsus gegen die damalige Schulmedizin durch genaue Naturbeobachtung im 16. Jahrhundert wichtige Signale für die spätere naturwissenschaftliche Medizin, blieb aber fest mit seinem lebensenergetischen, letztlich in der Alchemie verwurzelten, ganzheitlichen Denkansatz verbunden (Volksmedizin). So ist er zum Beispiel gleichzeitig auch der früheste Vordenker der Homöopathie, der um 1800 durch den deutschen Arzt Samuel Hahnemann begründeten Heilmethode nach dem Ähnlichkeitsprinzip. Auch der Emmentaler Dorfarzt Michel Schüppach stand Mitte des 18. Jahrhunderts als erfolgreicher Vertreter der intuitiven Harndiagnostik gleichzeitig chirurgisch auf der Höhe des damaligen Wissens. Franz Anton Mesmer geriet mit seinem Heilmagnetismus dann aber bereits in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts in das sich öffnende Spannungsfeld zwischen seiner lebensenergetisch-feinstofflichen Heilweise und der sich immer mehr nur noch rein materiell-rationalistisch definierenden Schulmedizin. Ebenfalls in die Grauzone der Alternativmedizin abgedrängt wurde die Homöopathie, zu deren Weiterentwicklung Schweizer Ärzte erhebliche Beiträge lieferten.
In den Städten formierte sich im späten 19. Jahrhundert die eigentliche Zurück-zur-Natur-Bewegung (Lebensreformbewegung). Einer ihrer frühesten Pioniere war der Schweizer Laienpraktiker Arnold Rikli, der im heutigen Slowenien eine aus sogenannten Lufthütten aufgebaute und ganz der vegetarischen Licht-, Wasser- und Lufttherapie gewidmete Kuranstalt gründete. Sein Anliegen wurde zu Beginn des 20. Jahrhunderts von den Gründern des vegetarisch-lebensreformerischen Zentrums auf dem Monte Verità in Ascona aufgenommen, das vor allem als ideologisch-kulturelle Speerspitze der naturheilkundlichen Bewegung weltweit wirksam war.
Von grösserer medizinischer Bedeutung war das 1904 nach demselben Konzept von Maximilian Oskar Bircher-Benner in Zürich gegründete Sanatorium am Zürichberg mit dem weltberühmt gewordenen Birchermüesli (Ernährung). In Graubünden erreichte Pfarrer Johannes Künzle 1922 die Zulassung der Naturheilpraxis (Heilkräuter). In Lutry entwickelte Catherine Kousmine, die aus Russland stammte und in Lausanne das Medizinstudium abgeschlossen hatte, in den 1940er Jahren eine spezielle Diät zur Krebsbekämpfung. Alfred Vogel popularisierte mit Echinacea eine nordamerikanische Heilpflanze in der Schweiz und industrialisierte damit gleichsam die Phytotherapie. Auch die ebenfalls aus der naturheilkundlichen Bewegung in Verbindung mit den Lehren Rudolf Steiners hervorgegangene anthroposophische Medizin (Anthroposophie) hat ihre wichtigsten Zentren in der Schweiz. Als eine tragende Säule der Naturheilkunde etablierte sich ab Mitte des 20. Jahrhunderts die zur traditionellen chinesischen Medizin (TCM) gehörige Akupunktur (Gesundheitswesen). 2009 nahm der Souverän den Gegenentwurf zur 2005 eingereichten Volksinitiative «Ja zur Komplementärmedizin» an, die zugunsten des Gegenentwurfs zurückgezogen wurde. Die Initiative forderte unter anderem adäquate Methoden für die umstrittene Wirksamkeitsüberprüfung und die Wiederaufnahme der fünf alternativen Heilmethoden (anthroposophische Medizin, Homöopathie, Neuraltherapie, Pflanzenheilkunde und TCM) in die Grundversicherung, die bereits 1999-2005 abgedeckt gewesen waren. 2017 entschied der Bundesrat, die anthroposophische Medizin, TCM, die Homöopathie und die Phytotherapie unbefristet in den Leistungskatalog der Grundversicherung aufzunehmen und gemäss Vertrauensprinzip von Ärztinnen und Ärzten vorgenommene Leistungen grundsätzlich zu vergüten. Die Akupunktur wurde ebenfalls in diese Gleichstellung einbezogen.