Die anhand von Knochenfunden festgestellten Grössenzunahmen verschiedener Haustiere in römischer Zeit lassen vermuten, dass bereits auf den Gutshöfen in der Schweiz Einkreuzungen grösserer Tiere aus anderen Teilen des Römischen Reichs stattfanden. Im Mittelalter und in der frühen Neuzeit mag zwar die züchterische Bearbeitung der Tiere gering gewesen sein, trotzdem war die Haltung eines Zuchtstiers oder Ebers kostspielig bei stets knappen Futtermitteln und musste genossenschaftlich geregelt werden. Entspechend den Haltungsformen, der Fütterung (Weiden, Wiesen) und dem Verwendungszweck (Ernährung, Viehwirtschaft und Milchwirtschaft) entwickelten sich die Nutztiere unterschiedlich. Langfristig entstanden beim Hausrind, Pferd (Säumerei) sowie beim Klein- und Schmalvieh (Schaf, Schwein, Ziege, Geflügel) durch angewendete Selektion und von den Umwelt- sowie Klimaeinflüssen geprägte sogenannte Schläge, angepasst an die jeweiligen Gegebenheiten, meist genügsam und widerstandsfähig, die sich im Körperbau sowie in der Grösse und Farbe voneinander unterschieden.
Die am Ende des 18. Jahrhunderts durch ökonomische Gesellschaften eingeleiteten Massnahmen zur systematischen Förderung der Rindviehzucht waren primär auf die Verbesserung der Zuchtstiere ausgerichtet (Agrarrevolution). Diese Bestrebungen setzten die im letzten Viertel des 19. Jahrhunderts entstandenen Viehzuchtgenossenschaften auf lokaler und Viehzuchtverbände auf schweizerischer Ebene fort. Zur laufenden Abstammungskontrolle führten sie die sogenannten Herdebücher oder Zuchtregister ein. Um die Jahrhundertwende wurden auch gesamtschweizerisch tätige Zuchtverbände für Schweine, Schafe und Ziegen gegründet.
Stand bei den Schweinen die Verbesserung der Fruchtbarkeit und die Steigerung des Fleischertrags im Zentrum der Züchtungsbestrebungen, so wurde bei den Pferden in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts versucht, die Zugkraft zu verbessern, um die nun industriell hergestellten, immer grösseren Landmaschinen betreiben zu können. Beim Rindvieh zielte die Zucht bis in die 1950er Jahre auf Gesundheit, Leistung und eine zweckmässige Form. Angestrebt wurden Tiere, die als Raufutterverzehrer gleichzeitig Milch lieferten, Fleisch produzierten und sich als Zugtiere eigneten. Für die Gewichtung der drei Nutzungsformen postulierten die Viehzuchtverbände konkrete Verhältniszahlen. Beim Simmentaler Fleckvieh, das auch in den Ackerbaugebieten des Mittellands stark verbreitet war, wurde ein Milch-Fleisch-Zug-Verhältnis von 55:25:20 angestrebt, beim Braunvieh ein solches von 60:30:10.
Gezielt gezüchtet wurde beim Rindvieh bis in die Mitte des 20. Jahrhunderts in sogenannter Reinzucht innerhalb der Rassen. Wissenschafter und Praktiker befürchteten, dass Kreuzungen zwischen unterschiedlichen Rassen gemäss der Mendel'schen Vererbungslehre von der zweiten Tochtergeneration an zu einer Aufspaltung der erwünschten Eigenschaften führen und damit die von Bund und Kantonen angestrebte Qualitätszucht gefährden würden. Deshalb wurde die Schweiz in vier Gebiete aufgeteilt, in denen nur die Zucht innerhalb der dort jeweils anerkannten Rasse (Simmentaler Fleckvieh, Eringervieh, Braunvieh und Freiburger Schwarzfleckvieh) gefördert wurde. Die Kreuzungszüchtung mit ausländischen Rassen war verboten.
Um die beim Freiburger Schwarzfleckvieh als Folge der Reinzucht innerhalb einer relativ kleinen Population auftretenden Erbfehler zu beheben, erlaubten die Behörden in den 1950er und 1960er Jahren erstmals die Paarungen von Freiburger Schwarzfleckkühen mit Stieren der milchbetonten Holstein-Friesen-Rasse. Die mit diesen Einkreuzungen erzielten Fortschritte in der Milchleistung hatten zur Folge, dass die auf eine Mehrfachnutzung ausgerichtete Freiburger Schwarzfleckviehrasse innerhalb von 15 Jahren vollständig durch die vor allem Milch produzierende Holsteinrasse ersetzt wurde. Weil der Import von Montbéliard-Vieh und Montbéliard-Samen den Viehzüchtern verboten blieb, führten vor allem Bauern im Waadtländer Jura diese illegal aus Frankreich ein, was zum sogenannten "Guerre des vaches" von 1964-1967 führte. Beim Braun- und Simmentaler Fleckvieh, bei denen die Einkreuzungen versuchsweise ab 1967 erfolgten, konnte mit der Gründung separater Zuchtorganisationen verhindert werden, dass die Tiere der Ursprungsrasse ganz verdrängt wurden.
Entscheidend für den raschen Rückgang der Mehrfachnutzungsrassen waren die Veränderungen der Zuchtziele ab den 1960er Jahren. Mit dem Aufkommen der auch bei Feldarbeiten einsetzbaren Verbrennungsmotoren wurde die Zugleistung des Rindviehs überflüssig. In einem ersten Schritt setzte sich die Zucht auf Milch- und Fleischleistung durch (Zweinutzungstiere). Danach wurden immer mehr auf Milch oder Fleisch spezialisierte Rassen gezüchtet. So ersetzten am Ende des 20. Jahrhunderts auf die Milch- oder Fleischproduktion spezialisierte Rassen die im 19. Jahrhundert geschaffenen Mehrfachnutzungsrassen. Eine wichtige Rolle in dieser Spezialisierung spielte die künstliche Besamung. Schon seit den 1930er Jahren praktiziert, setzte sich diese in der Schweiz in den 1960er und 1970er Jahren parallel zur Veränderung der Zuchtziele durch.
Seit den 1980er Jahren ist eine erneute Beschleunigung in der Tierzucht zu beobachten. Mittels der neuen Reproduktionstechnologie des Embryotransfers kann die Anzahl der Nachkommen wertvoller weiblicher Tiere erhöht werden; die genomische Selektion ermöglicht es zudem, die Zuchtwerte von Elterntieren direkt, ohne langjährige Leistungskontrolle über die Nachzucht zu bestimmen.