Das Direktorium war zwischen 1798 und 1800 das oberste politische Leitungsgremium (Exekutive) der Helvetischen Republik. Es setzte sich aus fünf mit weitgehenden Vollmachten ausgestatteten Direktoren zusammen. Eingeführt wurde es durch die erste helvetische Verfassung vom 12. April 1798. Sie verlieh ihm eine grössere Machtfülle, als das Grundgesetz von 1795 dem französischen Vorbild gewährt hatte. Das Direktorium war für die innere Sicherheit des Zentralstaates verantwortlich. Es gebot über die Streitkräfte und besass das Recht zur Ernennung bzw. Absetzung der Truppenführer und Offiziere aller Grade. Allerdings durfte keines der Mitglieder selber ein militärisches Kommando ausüben.
Das Vollziehungsdirektorium (Directoire exécutif), wie es verfassungsmässig hiess, ernannte die Minister, die diplomatischen Vertreter der Helvetischen Republik, die Kommissäre des Nationalschatzamtes, die Regierungsstatthalter und die Obereinnehmer in den Kantonen sowie – unter Abweichung vom Grundsatz der Gewaltentrennung – den Präsidenten, den öffentlichen Ankläger und den Schreiber des Obersten Gerichtshofes. Es war sogar befugt, nötigenfalls Verwaltungskammern abzusetzen und bis zu den regulären Neuwahlen zu ersetzen. In die Kompetenz des Direktorium fielen die diplomatischen Verhandlungen mit dem Ausland, doch mussten Staatsverträge durch das Parlament ratifiziert werden. Eine Ausnahme bildeten geheime Bestimmungen. Weiter oblagen ihm die Besiegelung und die Bekanntmachung der Gesetze, für deren Vollzug es zuständig war. Die Regierung konnte den Grossen Rat und den Senat einladen, «einen Gegenstand in Betracht zu ziehen», ein eigentliches Antragsrecht oder ein Recht auf Gesetzesinitiative kam ihr aber nicht zu. Es war ihr auch nicht gestattet, vor der Legislative ein Sachgeschäft zu vertreten, dies war nur auf dem Korrespondenzweg möglich. Über die der Zentralverwaltung bewilligten Gelder musste das Direktorium den Räten jährlich Rechenschaft ablegen. Bei Verdacht konnte es staatsgefährdende Verschwörer verhaften und verhören lassen. Schliesslich räumte ihm die Verfassung ein formelles Antragsrecht an die Räte für Strafnachlass oder -erlass ein. Die Mitglieder des Direktoriums beschäftigten sich mit sämtlichen Sachthemen, da eine Ressortverteilung nach Kenntnissen und Neigungen fehlte.
Um als Direktor gewählt zu werden, musste man mindestens 40 Jahre alt und verheiratet oder verwitwet sein. Die Direktoren wurden in einem komplizierten Verfahren bestimmt. Im ersten Jahr nach der Einführung der Verfassung stellte die eine, durch das Los bestimmte Parlamentskammer eine Liste von fünf Kandidaten auf, die andere wählte daraufhin mit absoluter Stimmenmehrheit einen der fünf zum Direktor. Dieses Prozedere musste fünf mal stattfinden. Jedes Jahr hatte per Losentscheid einer der fünf Direktoren zurückzutreten. Dieser war nach einer Übergangsfrist für die Dauer von fünf Jahren nicht mehr wählbar. Das Geschäftsreglement vom 11. August 1798 schrieb für die Zentralregierung das Kollegialsystem vor, um die Machtübernahme durch einen Direktor zu verhindern. Der mittels Los bestimmte Präsident vertrat das Direktorium nach aussen. Ihm stand der Generalsekretär zur Seite, der Vorsteher der Kanzlei. Das Präsidium sollte alle 73 Tage wechseln, in Wirklichkeit dauerte der Vorsitz bis September 1798 jeweils einen Monat, danach bis Juni 1799 jeweils 52 Tage. Vom 18. Februar bis 6. Juli 1799 regierte das Direktorium gestützt auf ausserordentliche Vollmachten. Mit den Regierungsstatthaltern in den Kantonen, den Unterstatthaltern in den Distrikten und den Agenten in den Gemeinden stand der Exekutivgewalt ein Machtapparat zur Verfügung, mit dessen Hilfe sie theoretisch das ganze Land erreichen konnte. Aufgrund der politischen und militärischen Entwicklungen war das Direktorium jedoch von inneren Spannungen und Rivalitäten zerrissen. Ausserdem griff es immer wieder in die Arbeit der Verwaltung ein, was zu Doppelspurigkeiten führte. Am 7. Januar 1800 löste das Parlament das Direktorium gewaltsam auf und ersetzte es durch einen provisorischen siebenköpfigen Vollziehungsausschuss.