Die Führung der Streitkräfte durch einen einzigen Oberbefehlshaber (Oberbefehl) war in den Wehrverfassungen der alten Eidgenossenschaft (Militärwesen) nicht vorgesehen. An deren Stelle trat ein im Bedarfsfall durch die Hauptleute (Hauptmann) der einzelnen Aufgebote gebildeter K., welcher die Streitkräfte kollegial führte. Da die meisten Hauptleute gleichzeitig wichtige öffentl. Ämter bekleideten, war der K. auch in der Lage, polit. Entscheide verbindlich zu fassen. Die eidg. Defensionalordnungen des 17. Jh. führten zu Umgestaltungen des K.s. Mit dem Defensionale von Wil entstand 1647, trotz des Weiterbestehens der kollegialen Führung, die erste wirklich gesamteidg. Heeresleitung. Jeder der 16 Orte und Zugewandten war im neu geschaffenen zentralen Stab durch je einen Offizier vertreten. Die Chargen wurden auf die Orte, zur Bestimmung der Vertreter, verteilt. Die Weiterentwicklung führte über das 1673 beschworene Defensionale von Baden zu einer allgemein verpflichtenden Militärverfassung. Die Vertretungen der 16 Orte und Zugewandten im K. wurden nun aus je einem Abgesandten der Obrigkeit und dem ranghöchsten Offizier des Stabs gebildet. Da der Brauch der gemeinsamen Führung weiterhin bestehen blieb, entwickelte sich der K. zu einem übergeordneten Organ, dessen Befugnisse beinahe denjenigen einer zentralen Bundesregierung entsprachen. Die Glaubensspaltung setzte jedoch dieser Entwicklung Grenzen, der K. fiel mit dem Untergang der alten Eidgenossenschaft.
Erst in der Restaurationszeit wurde wieder ein eidg. K. eingesetzt, dem die Leitung der militär. Belange oblag. In Friedenszeiten amtierte er als Ausführungs-, Ausbildungs- und Verwaltungsbehörde. Er war der Tagsatzung bzw. dem Vorort unterstellt und bestand aus dem Präs. des eidg. Vororts sowie vier von der Tagsatzung aus der Mitte der eidg. Obersten gewählten Mitgliedern. 1845 bildeten die sieben Kantone des Sonderbunds einen K. mit weitgehenden Vollmachten, der bis zu ihrer Niederlage 1847 bestand. Mit der Bundesverfassung von 1848 verschwand die Institution des gesamteidg. K.s. In einigen Kantonen hiess die oberste Militärbehörde vor 1848 K.