
Ab 1830 wurde die Käseproduktion (Käse) von den Alpen in die Dörfer verlagert. Am Ende des 19. Jahrhunderts gründeten Käserei- oder Milchverwertungsgenossenschaften Molkereien in der Nähe von Ortschaften (Dorf- oder ländliche Molkereien) oder Städten (Milchzentralen). Sie deckten die durch das rasche Wachstum der Städte gestiegene Milchnachfrage und halfen, saisonale Schwankungen in Produktion und Konsum aufzufangen. Ergänzend wurden Konsummolkereien gegründet, zum Beispiel 1884 in Basel durch den Allgemeinen Consumverein. Durch grosse Mengenbezüge und harte Preispolitik gegenüber den Produzenten wollten diese die Milch preisgünstiger verkaufen (Milchwirtschaft).
Im Ersten Weltkrieg, als Milch knapp wurde, übertrug der Bund den regionalen Milchverbänden (Sektionen der späteren Schweizer Milchproduzenten) die Verantwortung für die Versorgung der Bevölkerung mit Trinkmilch. Nach dem Krieg übernahmen diese zusätzlich die Kontrolle und Verbesserung der Milchqualität und bauten grosse Verbandsmolkereien. Der bernische Verband errichtete 1921 je eine in Burgdorf und Thun sowie 1924 zusammen mit den Milchhändlern eine in Bern. Die Fédération laitière du Léman schuf 1923 in Vevey die Centrale laitière. Stark ausgebaut wurde das Verbandsmolkereisystem zu Beginn der 1960er Jahre. So gründete der Berner Verband 1959 eine Molkerei in Langenthal und 1963 eine in Interlaken. Der sinkende Bedarf in der Kälbermast (Milchpulver statt Milch), Rationalisierungen auf den Bauernbetrieben zur Einkommenssicherung und die rückläufige Anzahl der selbst viel Milch konsumierenden Bauernhaushalte hatten zu einer starken Ausweitung der Milchmenge geführt.
In den 1960er Jahren erfasste ein bis heute anhaltender Strukturwandel die Molkereien. Die 1949 entwickelte Pasteurisierung von Milch sowie deren preisgünstiger Verkauf in handlichen Einwegpackungen machte das Trinkmilchgeschäft für die Migros interessant. Mit ihrer Estavayer Lait SA konkurrenzierte sie die Verbandsmolkereien. Die Coop besass die frühere Consummolkerei in Basel und war zusätzlich an Verbandsmolkereien beteiligt (u.a. ab 1973 an der Verbandsmolkerei Bern). Wegen dieser zunehmenden Konkurrenz und auf Grund des rückläufigen Trinkmilchverbrauchs konzentrierten sich die Verbandsmolkereien in den 1970er Jahren stärker auf Milchprodukte (Joghurts, Joghurt-Drinks, UHT-Schlagrahm, Milchdesserts). Es entstanden Grossbauten wie die Toni-Molkerei Zürich oder die neue Molkerei in Ostermundigen. Neue Joghurtmarken wie «Toni», «Säntis» oder «Emmi» sollten den Molkereien Profil verleihen, führten allerdings auch zu vermehrter gegenseitiger Konkurrenz. In den 1990er Jahren erweiterten die Molkereien ihre Palette mit ästhetisch und biotechnologisch bearbeiteten Lifestyleprodukten, um die Wertschöpfung zu erhöhen und die Investitionen zu amortisieren. Durch Fusionen und Spezialisierungen wurden gleichzeitig die Produktionskosten der Betriebe gesenkt. So erfolgte 1998 der Zusammenschluss der Verbandsmolkereien Bern, Basel, Waadt-Freiburg und Winterthur (ToniLait AG) mit Appenzell-St. Gallen (Säntis-Gruppe) zur Swiss Dairy Food AG (2002 Liquidation und Teilintegration in die Emmi-Gruppe).
Der Strukturwandel beschleunigte sich mit den Agrarreformen in den 1990er Jahren: Die ehemaligen Verbandsmolkereien verselbstständigten sich zu wachstums- und gewinnorientierten Konzernen, drängten auf tiefe Milchpreise und setzten sich zumeist durch. Dieser Druck dürfte sich mit der weiteren Integration der Schweiz in den europäischen Binnenmarkt und der Verschärfung der internationalen Konkurrenz verstärken. Seit 2007 herrscht im Käsemarkt zwischen der Schweiz und der Europäischen Union Freihandel.