2.2.1841 Morges, 8.8.1912 Morges, ref., von Morges. Sohn des François (->). Cousin des Auguste (->). 1872 Fanny Elisabeth Monneron, Tochter des Henri, Pfarrers, Nichte des Frédéric Monneron. 1857-59 Akad. Genf, Stud. der Medizin und der Naturwissenschaften in Montpellier, Paris und Würzburg (1867 Doktorat). Professor in Würzburg. Nach seiner Ernennung an die Akad. Lausanne unterrichtete er dort ab 1871 Anatomie und allg. Physiologie, ab 1875 Zoologie und vergleichende Anatomie. 1895 gab er die Lehre auf, um sich ausschliesslich seinen Forschungen zu widmen. 1867-1909 amtierte er als Gemeinderat (Legislative) in Morges, 1870-74 als liberaler Waadtländer Grossrat.
Von seinem Vater beeinflusst interessierte sich F. schon als Jugendlicher für den Genfersee. Er sammelte Daten zu dessen Flora und Fauna und untersuchte Hydrologie, Klimatologie, Meteorologie, physikal. Geografie sowie die Geschichte des Sees. Seine Ergebnisse veröffentlichte er in "Le Léman", einer umfassenden und bemerkenswerten Monografie in drei umfangreichen Bänden aus den Jahren 1892, 1896 und 1904 (Neuausgabe 1969 und 1998). Mit diesem international anerkannten Werk wurde F. zum Begründer der Limnologie, der Wissenschaft der Binnengewässer, deren Name er selbst geschafften hatte. F.s Forschungen zum Leben in den Seen, v.a. deren physikal. und chem. Eigenschaften, sind in grosser Zahl vorhanden. F. untersuchte auch die Fischkrankheiten und trug so entscheidend zur Entwicklung der schweiz. Fischzucht bei. Weitere Forschungsgebiete waren die Gezeiten, die sog. Seiches, Wellen, Strömungen, Transparenz und Farbe der Gewässer. Gegen Ende seines Lebens führte F. die Studien seines Vaters über die Ufersiedlungen weiter und wurde einer der profiliertesten Kenner der Bronzezeit in der Schweiz. Er war ein Vorläufer der Seismologie und beförderte als erster Ballon-Sonden zur meteorolog. Beobachtung in die hohe Atmosphäre. Nach der Seenforschung wandte er sich den Gletschern zu (jährl. Beobachtungen). Er präsidierte die 1894 gegründete Schweiz. Gletscherkommission. Mittels einer von ihm organisierten Subskription finanzierte er 1912 eine schweiz. Expedition nach Grönland, wo ein Berg der Insel nach ihm benannt wurde.