Aviatikunternehmen aus Stans im Kanton Nidwalden, das 1939 vom Zürcher Industriellen Emil Georg Bührle, dem österreichischen Waffenhändler Antoine Gazda und der Elektrobank gegründet wurde. Sie verfolgten das Ziel, die damals kaum ausgebaute Schweizer Luftwaffe mittels eigener Flugzeugproduktion zu modernisieren (Luftfahrt). Für den Standort Stans ausschlaggebend waren die Nähe zum 1938 eröffneten Militärflugplatz Buochs sowie die Möglichkeit, unterirdische, bombensichere Kavernen zu bauen, was jedoch nicht umgesetzt wurde.
Ab 1942 unterstand die Pilatus Flugzeugwerke AG der alleinigen Kontrolle von Bührle. 1945 lieferte sie die ersten Trainingsflugzeuge (P-2, P-3) an die Schweizer Armee aus. Zur Expansion der Firma trug besonders das kleine, äusserst robuste Transportflugzeug PC-6 Porter bei, das Ende der 1950er Jahre entwickelt wurde und in der Schweiz wie im Ausland regen Absatz fand. Als aviatisches Standbein der Werkzeugmaschinenfabrik Oerlikon (WO), dem grössten Schweizer Rüstungskonzern (Waffenproduktion und Waffenhandel), übernahm Pilatus auch Wartungs- und Kontrollaufträge für die Schweizer Luftwaffe und kooperierte mit mehreren europäischen Flugzeug- und Helikopterherstellern. Ab den 1970er und 1980er Jahren exportierten die Pilatus Flugzeugwerke, die inzwischen rund 250 Angestellte beschäftigten, Trainingsflugzeuge vom Typ PC-7 und PC-9 in zahlreiche Länder, darunter in Konfliktregionen wie Laos, Burma, Bolivien, Guatemala, Irak, Tschad und Südafrika. Dabei verschwieg Pilatus, dass die Flugzeuge problemlos mit Luft-Boden-Waffen ausgerüstet werden konnten, was die Schweizer Neutralität verletzte. 1978 deckte die Presse auf, dass Flugzeuge des Typs PC-7 in verschiedenen Kriegen und insbesondere im Kampf gegen Aufständische zum Einsatz kamen, was die sogenannte Pilatus-Affäre auslöste. Das Unternehmen stand auch in den folgenden Jahrzehnten immer wieder im Zentrum der Kritik wegen des Exports von Kriegsmaterial und Gütern, die sowohl zivil als auch militärisch genutzt werden konnten, doch genoss Pilatus stets den Schutz der Schweizer Behörden.
Im Zuge der Umstrukturierung der Oerlikon-Bührle Holding im Jahr 2000 zog sich die Familie Bührle zunächst aus den Geschäften der Pilatus Flugzeugwerke zurück, kehrte aber 2012 an die Spitze des Unternehmens zurück. Ab Anfang des 21. Jahrhunderts diversifizierte die Firma ihre Produktion erfolgreich mit kleinen, düsengetriebenen Geschäftsflugzeugen (PC-24) und modernisierten Versionen ihrer militärischen Trainingsmodelle (PC-21) sowie ihrem Geschäftsflugzeug mit Turboprop-Antrieb (PC-12). Varianten davon werden auch von US-Spezialeinheiten eingesetzt (PC-12 M Spectre und U-28A Draco). 2019 verbot das Eidgenössische Departement für auswärtige Angelegenheiten (EDA) Pilatus wegen des Kriegs in Jemen jegliche Geschäfte mit den darin verwickelten Ländern Saudi-Arabien und Vereinigte Arabische Emirate; das Verbot wurde 2021 vom Bundesverwaltungsgericht aber wieder aufgehoben. Pilatus steigerte seinen Personalbestand im In- und Ausland zwischen 2000 und 2020 von 1000 auf über 2000 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, erreichte 2021 einen Umsatz von 1,3 Milliarden und ist der grösste Arbeitgeber im Kanton Nidwalden sowie einer der grössten der Zentralschweiz.