Eine Frühform des eidgenössischen Sanitätsdienstes ist ab dem Laupenkrieg (1339-1340) belegt. In der Regel sorgte der Hauptmann dafür, dass man sich nach der Schlacht um die Verwundeten kümmerte und Tote begrub. In den kriegerischen Auszügen gehörte medizinisches Personal zum Begleittross. Ab dem 18. Jahrhundert entwickelte sich das eidgenössische Sanitätswesen auf zwei Ebenen: Zum einen entstanden in den einzelnen Orten eigene Organisationen. So gab Bern 1713 das erste schweizerische Sanitätsdienstreglement heraus. Zum anderen passten sich die Regimenter in fremden Diensten den europäischen Normen an. Diese sahen vor, dass der Regimentsfeldscher oder Chirurgenmajor in Friedenszeiten für die Hygiene und die Pflege im Regimentskrankenhaus verantwortlich war und während der Feldzüge die sanitarische Grundversorgung gewährleistete.
1798-1848 leiteten das eidgenössische Kriegskommissariat und in den Kantonen jeweils ein Oberfeldarzt das Kriegsmedizinalwesen. Jedes Bataillon des eidgenössischen Auszugs besass einen Chirurgen im Rang eines Hauptmanns (erst 1862 mit den entsprechenden Kompetenzen des Grades) sowie zwei Unterchirurgen. Ferner stellte jede Division ein bewegliches Feldspital (Ambulanz) mit Personal. Der Sonderbundskrieg 1847 deckte grobe Mängel auf: Für die gesamte eidgenössische Armee von 98'861 Mann waren nur 110 Sanitäter in den Ambulanzen – die meisten kaum ausgebildet – sowie 384 Ärzte und Frater (Hilfssanitäter) in den Bataillonen eingeteilt (0,5% des Gesamtbestands). Es fehlte an Transportmitteln und an Material, das requiriert werden musste. Die Grenzbesetzung 1870-1871 und die Internierung der Bourbakiarmee offenbarten erneut gravierende Mängel. Wieder sprangen zivile Organisationen ein, unter anderem das Rote Kreuz und das 1870 in Basel gegründete Internationale Hilfskomitee für Kriegsgefangene. Mit der Militärorganisation von 1874 wurde mit der Sanität eine eigene Truppengattung geschaffen, die 7590 Angehörige (3,75%) bei einem Armeebestand von 202'479 Mann umfasste, sowie die Ausbildung verbessert. Die Truppenordnung (TO) von 1912 vereinfachte die Behandlung der Verwundeten, indem sie drei Stufen festlegte: Erste Hilfe durch die Truppensanitäter, die Verbandplätze der Sanitätsabteilungen und die Feldlazarette der Etappen- und Territorialsanitätsanstalten mit Spitalverbänden. Die Feldlazarette zeigten sich allerdings 1918-1919 den Belastungen durch die Spanische Grippe in keiner Weise gewachsen.
Nach der TO von 1938 verfügte jede Division über eine Sanitätsabteilung sowie jedes Armeekorps über ein Feldlazarett und zusätzliche Transportmittel. Auf Stufe Armee kamen zwei Feldlazarette, 28 Sanitätseisenbahnzüge und vier Militärsanitätsanstalten hinzu. Ferner wurde im Armeestab erstmals eine Abteilung Sanität geschaffen. 1942 trennte man das Rote Kreuz von der Armee ab. Im Zweiten Weltkrieg schwankten die Krankenbestände zwischen 15'123 1940 und 1275 Mann 1945, was durchschnittlich 4-6% der Armeeangehörigen entsprach.
Während des Kalten Kriegs (1945-1989) arbeitete der Sanitätsdienst eng mit zivilen Partnern zusammen. Ab 1983 gelangte der Verwundete gemäss der neuen zweistufigen Konzeption von der Truppe (prähospitale Stufe) in die Basis (hospitale Stufe). Zudem wurden in den Territorialzonen 13 Spitalregimenter errichtet. Die Reformen nach 1989 hielten weitgehend an dieser Struktur fest. Der Rotkreuzdienst wurde wieder in die Armee integriert. Zu den wichtigsten Aufgaben des modernen Sanitätsdiensts zählen die Vorbeugung gegen Gesundheitsschäden bzw. die Gesunderhaltung der Truppe, die Beurteilung der Diensttauglichkeit, der Transport und die Pflege der Verwundeten und Kranken sowie die Bereitstellung von Material. Die Sanitätsausbildung erfolgt auf den Waffenplätzen Moudon und Airolo und umfasst ein Spitalpraktikum.