Bei den Kapuzinerinnen (lateinisch Tertius Ordo Regularis Capuccinarum, Abkürzung TORCap) handelt es sich um Terziarinnen des regulierten Dritten Ordens des Franziskus von Assisi (Franziskusorden). Im Unterschied zu den Kapuzinern aus dem Ersten Orden sind die Kapuzinerinnen als Nonnenkonvente rechtlich autonom und keiner Ordensprovinz zugeordnet, obwohl sie wie in Italien und dem übrigen Westeuropa auch in der Schweiz ihre Entstehung den Kapuzinern mitverdanken. Fast alle Konvente der Franziskaner-Terziarinnen des 14.-16. Jahrhunderts, welche die Reformation überdauert hatten, erfuhren im Sinne der Kapuziner eine Umwandlung in Kapuzinerinnenklöster. 1589-1591 wurde unter Anleitung des Kapuziners Ludwig von Einsiedel aus Sachsen zuerst das Kloster Pfanneregg bei Wattwil dementsprechend neu organisiert, weshalb man die unter Elisabeth Spitzlin fortgeführte Umwandlung weiterer Terziarinnen-Niederlassungen auch als Pfanneregger Reform bezeichnet. 15 Kapuzinerinnenklöster, die unter dem Visitationsrecht eines Kapuzinerprovinzialministers oder eines Diözesanbischofs stehen, sind seit 1958 in der Föderation St. Klara vereinigt (Höchststand 1965 573 Schwestern; 2006 185 Schwestern): Altdorf (UR), Altstätten (SG), Appenzell, Jakobsbad, Gerlisberg (Gemeinde Luzern), Gubel, Wonnenstein, Grimmenstein (AI), Notkersegg, Montorge, Solothurn, Stans, Tübach, Wattwil und Zug. Die Unabhängigkeit der Klöster nahm durch den Zusammenschluss keinen Schaden. Die vornehmlich kontemplativ tätigen Kapuzinerinnen, die einst teilweise im Mädchenschuldienst engagiert waren, leben von Hostienbäckerei, Kirchenwäsche, Paramentik, Heilkräuteranbau und Katechese. Missionen und Klostergründungen in Lateinamerika und Afrika gingen 1888 aus Altstätten, 1965 aus Montorge und 1967 aus Gerlisberg hervor.
Zum anderen Reformzweig, den seit 1535 im Zweiten Orden des Franziskus von Assisi nach der Klararegel lebenden Klarissen-Kapuzinerinnen (lat. Ordo Sanctae Clarae Capuccinarum, Abkürzung OSClCap), bekennen sich die Nonnen des 1747 gegründeten Klosters San Giuseppe in Lugano.