Die Republik Südsudan entstand 2011 als Folge des Friedensabkommens von 2005, mit dem der Bürgerkrieg zwischen dem Norden und dem Süden des Sudan beigelegt wurde. Die Direktion für Entwicklung und Zusammmenarbeit, die seit 1994 in der Region tätig ist und seit 2006 in Juba eine Vertretung unterhält, unterstützt den Wiederaufbau des Landes. Die Schweizerische Nationalbank und das EDA setzen sich für die Schaffung einer südsudanesischen Zentralbank ein. Der Bund unterstützt – vor allem durch Entsenden von Experten, Ausbildnern und Technikern – ein Entminungsprogramm, die Wiedereingliederung von Flüchtlingen sowie die Gesundheits- und Sicherheitsdienste. Die diplomatischen Beziehungen zum Südsudan unterhält die Schweizer Botschaft in Addis Abeba. Der Davoser Anthropologe Conradin Perner erhielt für seine Forschungen über das Volk der Anyuak und sein Engagement zugunsten der Kriegskinder die Ehrenbürgerschaft des jungen Staats.