31.3.1825 Genf, 4.11.1897 Genf, reformiert, von Genf. Pfarrer, Kirchenhistoriker, Literaturkritiker und Übersetzer.

François Naef war der Sohn des Bernard Naef, der als Graveur und Uhrenhändler arbeitete und dem Genfer Repräsentierenden Rat angehörte, und der Jeanne-Antoinette geborene Benoît. 1853 heiratete er Antoinette-Etiennette-Françoise Barral. Mit ihr hatte er drei Kinder, wovon zwei das Erwachsenenalter erreichten. Nach der Primarschule in Genf trat Naef hier 1833 in die Ecole commerciale et industrielle und 1838 ins Gymnasium ein. Bei Auguste Calame genoss er Zeichenunterricht. Ab 1842 studierte er an der Akademie Genf, unter anderem als Schüler von Rodolphe Töpffer, und schloss sich im selben Jahr der Studentenverbindung Belles-Lettres an, die er 1844 präsidierte; später wechselte er zur Zofingia. Er wirkte 1843 als Privatlehrer, verzichtete aber auf eine Erzieherstelle in Odessa. 1844 erwarb er den Titel eines Bacheliers ès lettres. An der Akademie besuchte er Vorlesungen von Alphonse de Candolle und Ernest Naville, begann 1846 ein Theologiestudium und wurde 1850 ordiniert. Naef gehörte der Commission permanente de littérature religieuse et théologique der Compagnie des pasteurs an. 1851 trat er die Stelle als Pfarrer in Poliez-le-Grand an. Im selben Jahr schlug er einen Lehrstuhl für Theologie an der Akademie Lausanne aus. 1860 verliess er Poliez-le-Grand und wurde Kaplan der Genfer Primarschulen. Er predigte in den 1860er Jahren in verschiedenen Pfarreien der Stadt Genf und in Carouge (GE), kam 1864 als Pfarrer nach Begnins, wo er der Schulkommission vorstand, und arbeitete 1867-1886 als Pfarrer in Céligny. In der Genfer Compagnie des pasteurs hatte er 1877 und 1882 das Vizepräsidium sowie 1878 das Präsidium inne. Naef publizierte kirchenhistorische Werke, etwa 1856 die Histoire de la Réformation, die 1866 eine zweite Auflage erfuhr. Seinen Ruhestand verbrachte er 1886-1897 in Le Grand-Saconnex.

Bereits als Schüler und Student gewann Naef mehrere Preise für seine Arbeiten. Im Gymnasium gründete er die Schülerzeitung L’Echappé de Collège. Später las er den von Abraham Emanuel Fröhlich herausgegebenen Almanach Alpenrosen sowie Alexandre Daguets Zeitschrift L'Educateur. François Milliquet, Pfarrer von Dommartin, machte ihn mit Albert Bitzius (Jeremias Gotthelf) bekannt. Daraufhin übersetzte er dessen Erzählung Der Sonntag des Grossvaters ins Französische, die 1853 unter dem Titel Le dimanche du grand-père erschien. 1864-1866 schrieb er zahlreiche Rezensionen für die Bibliothèque universelle und in den Etrennes religieuses, einem Organ liberaler Pfarrer, publizierte er 1874-1893 regelmässig. Von 1881 bis zu seinem Tod arbeitete er zudem bei La Lecture (für die Bibliothèques populaires) und der Petite bibliothèque helvétique mit. Unveröffentlicht blieben seine Memoiren Souvenirs d’un sexagénaire (1888-1890) in vier Bänden.