Les dossiers de la Fondation Dictionnaire historique de la Suisse ont été déposés en 2020 aux Archives fédérales suisses (AFS) sous la cote J2.362-01. Ce faisant, le DHS a clos le dernier chapitre de l’histoire de la fondation. Le fonds, qui couvre la période de 1988 à 2016, contient notamment des documents liés à la phase de projet, au conseil de fondation et à la rédaction centrale. Il comprend également 36 dossiers d'articles sélectionnés au hasard – un pour mille de tous les dossiers d'articles – qui illustrent l'histoire parfois mouvementée des articles du Dictionnaire. D’autres fonds des AFS renferment également des informations relatives au DHS, ainsi ceux de l’Office fédéral de l’éducation et de la science (1979-2004) et de l’Académie suisse des sciences humaines et sociales.