Commune du canton de Genève, avec les hameaux de Cara (qui se trouvait à un carrefour de voies celtiques puis romaines) et de La Louvière. Après 1000 in Presiago, 1180 villa que appellatur Presingium. Environ 160 habitants en 1412, 592 en 1850 (avec Puplinge), 311 en 1900, 268 en 1950, 614 en 2000, 622 en 2010.
On mit au jour une villa à Cara, comportant des fragments de murs peints et une mosaïque (fin Ier-début IIe s.). Au Moyen Age, Presinge dépendit d'abord des comtes de Genève et de la famille de Grailly, seigneurs de Ville-la-Grand. Dès la fin du XIVe siècle, le comte de Savoie obtint à la suite d'héritages tous les droits temporels sur Presinge. En 1536, Berne occupa la région de Gaillard, qu'elle restitua au duc en 1567. Presinge devenu français en 1792, fut rattaché, avec Puplinge, à la commune nouvellement créée de Ville-la-Grand. Presinge et Puplinge furent cédés au canton de Genève en 1816 et formèrent une seule commune. En raison de la mésentente qui régnait entre les habitants des deux villages, le Conseil d'Etat ratifia en 1851 la division de la commune. En 1275, un prieuré augustin dépend de l'abbaye d'Abondance. L'église Saint-Félix est mentionnée pour la première fois en 1304 seulement, mais l'édifice a des fondements romans. Elle releva dès 1420 du chapitre cathédral de Saint-Pierre de Genève et connut des agrandissements et des restaurations (la dernière en 1970). La paroisse fut réformée en 1536; elle repassa définitivement au catholicisme après 1598. En 1544, Genève avait hérité du chapitre quelques droits sur Presinge (départ de Bâle), cédés à la Savoie en 1754. Cela avait permis à de nombreux bourgeois de cette ville d'acquérir à Presinge d'importants domaines agricoles. La commune a résisté au développement périurbain et aucun gros projet immobilier n'y a vu le jour. Presinge conserve un caractère essentiellement rural.