Commune du canton du Jura, chef-lieu du district des Franches-Montagnes. Comprenant divers hameaux et fermes isolées, elle a fusionné en 2009 avec Les Pommerats et Goumois. La nouvelle commune de Saignelégier s'étend du bord du Doubs à l'étang de la Gruère. 1294 Saignelegier, ancien nom allemand Sankt Leodegar. Le village de Saignelégier, sur le plateau franc-montagnard, s'est développé sur un carrefour routier (Delémont, Tramelan, La Chaux-de-Fonds et France par Goumois). 507 habitants en 1770, 536 en 1818, 754 en 1850, 1012 en 1870, 1410 en 1900, 1489 en 1950, 2145 en 2000, 2527 en 2009, 2468 en 2010, 2585 en 2020.
Situé dans l'évêché de Bâle dès le Moyen Age, Saignelégier fut le siège du bailli des Franches-Montagnes et de Saint-Ursanne depuis 1691 (bâtiment de la fin du XVIIe s.). Sous le régime français (1793-1813), Saignelégier fut chef-lieu de canton du département du Mont-Terrible, puis du Haut-Rhin, avant de faire partie du canton de Berne de 1815 à 1978 (siège de la préfecture des Franches-Montagnes, dans l'ancien bâtiment de la châtellenie). Dès le XVe siècle, le village prit de l'importance: chapelle, foires (dès 1428), résidence du curé de Montfaucon (paroisse mère des Franches-Montagnes). En 1629, Saignelégier fut érigé en paroisse englobant Le Bémont et Muriaux. Le temple protestant fut inauguré en 1913, l'église Notre-Dame-de-l'Assomption néobaroque fut reconstruite en 1927-1928. Saignelégier est une commune mixte dès le milieu du XIXe siècle. Avec l'implantation de l'horlogerie au XIXe siècle et l'ouverture des lignes ferroviaires Saignelégier-La Chaux-de-Fonds (1892) et Saignelégier-Glovelier (1904), le village prit un aspect industriel et commercial au cours du XXe siècle (zone industrielle agrandie en 2007). L'hôpital-hospice Saint-Joseph (fondé en 1851, reconstruit en 1864 et 1881) est devenu l'un des quatre sites de l'Hôpital du Jura en 2003. La commune abrite une école secondaire depuis 1878 et l'imprimerie du Franc-Montagnard, journal régional, depuis 1898. En 1979, deux services cantonaux furent installés à Saignelégier. Siège administratif de Jura Tourisme, le village est l'un des pôles touristiques (tourisme) du canton, avec notamment le Marché-Concours national de chevaux (dès 1897), qui attire chaque année des dizaines de milliers de spectateurs, le Centre des loisirs des Franches-Montagnes (1985), les réserves naturelles des étangs de la Gruère et des Royes et le Centre Nature Les Cerlatez (1992). En 2005, le secteur secondaire offrait 35% des emplois et le tertiaire 61%. La population active comptait 61% de pendulaires entrants.