Les relations entre la H. et la Suisse remontent officiellement au XVe s., si l'on excepte les invasions hongroises du Xe s. à Bâle et à Saint-Gall. Le roi Mathias Corvin conclut en 1479 avec les huit cantons que comptait alors la Confédération un traité d'amitié dirigé contre la maison de Habsbourg. L'envoyé de Lucerne, Melchior Russ, séjourna longuement à la cour de Mathias Corvin, qui le fit chevalier. La couronne magyare passa en 1526 à la maison de Habsbourg; dès lors, Vienne prit en main les relations officielles (Autriche).
En 1849, le représentant diplomatique de la H., (brièvement indépendante en 1848-1849), vint remettre ses lettres de créance au Conseil fédéral; la population de Berne lui fit un excellent accueil. Après l'échec de la révolution, quelques personnes trouvèrent refuge en Suisse: parmi eux le général György Klapka, qui fut élu au Grand Conseil genevois après sa naturalisation. A la suite du compromis intervenu entre l'Autriche et la H. en 1867, un consulat suisse fut ouvert à Budapest. Des entrepreneurs et des fonds helvétiques contribuèrent substantiellement à l'industrialisation de la H. et les échanges commerciaux s'accrurent. Dans le secteur agricole, les éleveurs magyars appréciaient la race bovine du Simmental. Le marché suisse des capitaux vit l'émission de nombreux emprunts hongrois. Abraham Ganz, d'Unterembrach, est considéré comme le créateur de l'industrie lourde hongroise, tandis que la confiserie ouverte par le Genevois Emile Gerbeaud est aujourd'hui encore la plus élégante de Budapest. En 1906, la Société d'entraide des Suisses de H., fondée en 1866, comptait nonante-six membres.
Les contacts culturels, surtout après la Réforme, furent profonds et durables. Les réformateurs hongrois entretenaient des échanges suivis avec leurs coreligionnaires suisses, un grand nombre d'entre eux étudièrent à Bâle et à Genève, où ils firent aussi imprimer leurs ouvrages de théologie. En 1567, ils adoptèrent la Seconde Confession helvétique. István Bocskai, prince de Transylvanie, qui instaura la liberté de religion dans son pays, est immortalisé sur le monument de la Réformation, à Genève. Les protestants hongrois reçurent une aide efficace de la Suisse lors des persécutions de la Contre-Réforme, notamment les pasteurs condamnés aux galères en 1675, dont leurs coreligionnaires suisses rachetèrent la liberté et qui furent soignés dans notre pays. Nombre de ceux qui étudiaient à Bâle ou à Genève reçurent des bourses (décision de la Diète protestante de 1719). Ces deux villes jouèrent dès lors un rôle important dans la diffusion du courant protestant des Lumières auprès des Hongrois, notamment par l'intermédiaire de Josef Pétzeli et des comtes Josef, Samuel et Adam Teleki. A partir de 1725, cependant, Vienne mit de plus en plus d'obstacles aux voyages d'études et finit par les interdire complètement.
Des relations diplomatiques durables ne s'établirent entre la Suisse et la H. qu'après la chute de la monarchie danubienne. Le 9 octobre 1920, le Conseil fédéral décida de reconnaître l'Etat hongrois. Les relations bilatérales rencontrèrent tout d'abord de sérieuses difficultés en raison des tentatives avortées de l'ex-empereur Charles, réfugié en Suisse, pour reprendre le trône de H. La plupart des traités conclus avec la double monarchie austro-hongroise s'appliquèrent désormais au nouvel Etat; un traité d'arbitrage fut conclu en 1925. De 1925 à 1938, les légations de Suisse à Vienne et à Budapest eurent une direction commune, puis un diplomate fut accrédité pour la seule H., avec résidence à Budapest.
Au centre des efforts diplomatiques, on trouvait les relations économiques. La Suisse participa au redressement des finances hongroises dans le cadre de la Société des Nations (1924) avec une contribution de 30 millions de francs (sur un total de 250 millions). A la suite de la crise économique mondiale, la H. décréta un moratoire des paiements et introduisit un système de contrôle des changes. Sous le signe du bilatéralisme pratiqué avec cohérence par le Conseil fédéral dans les années 1930, des accords à court terme furent passés sur le trafic réglementé des paiements et des marchandises (1931-1973). Une convention de double imposition fut conclue en 1942 et ratifiée en 1948. Le volume plutôt modeste et toujours fluctuant des échanges commerciaux ne commença à augmenter sensiblement que durant les années de guerre, atteignant un sommet en 1943 (importations: 105,5 millions de francs, exportations: 74 millions; cinquième partenaire commercial). Les céréales et les semences hongroises étaient vitales pour l'approvisionnement de la Suisse.
Durant la Deuxième Guerre mondiale, la H. se trouva du côté des puissances de l'Axe; la Suisse représenta à Budapest les intérêts de quatorze Etats, parmi lesquels les Etats-Unis et la Grande-Bretagne. Grâce à l'action individuelle inlassable du vice-consul Carl Lutz, qui dirigea la section des intérêts étrangers de la légation suisse de 1942 à 1945, des dizaines de milliers de juifs survécurent aux persécutions des forces d'occupation allemandes et des Croix fléchées hongrois. En 1991, un monument fut élevé à la mémoire de Lutz à Budapest.
Les relations diplomatiques, interrompues à la fin de la guerre sur pression des Soviétiques, furent rétablies en 1946. Des négociations économiques se tinrent à intervalles réguliers. Un crédit de clearing de 10 millions de francs permit l'élargissement graduel des échanges commerciaux réglementés, qui rejoignirent bientôt leur niveau d'avant-guerre. La politique du Conseil fédéral était en effet de maintenir les relations économiques avec l'Europe de l'Est, malgré le début de la guerre froide. Un accord financier régla en 1947 la gestion de la dette publique hongroises.
Après la fin du régime démocratique et la transformation du pays en république populaire communiste sous influence soviétique, les relations se refroidirent considérablement. La colonie suisse, qui comptait encore 730 membres en 1943, tomba dans les années 1950 à moins de 100 personnes. Les mesures de nationalisation n'épargnèrent pas les valeurs suisses (quelque 60 millions de francs en 1949). Les indemnisations furent réglées dans un accord général en 1950, auquel fut joint un protocole concernant les avoirs non réclamés déposés en Suisse par des victimes du national-socialisme dont le dernier domicile avait été la H. Face à la baisse des transactions commerciales et à de nouvelles nationalisations, la mise en œuvre de l'accord fut toutefois retardée.
Les relations entre les deux pays connurent des heures critiques lors de l'écrasement de la révolution hongroise par les troupes soviétiques, en 1956. Une vague de sympathie et de solidarité sans précédent se manifesta en Suisse par l'envoi de secours et en particulier par l'accueil de plus de 20 000 réfugiés, qui s'intégrèrent pour la plupart sans difficulté. Après la consolidation du régime ("dictature douce") et le retour de la H. sur la scène internationale, une nouvelle phase de négociations s'étendit de 1963 à 1973 (accord d'indemnisation, avoirs en déshérence dans le fonds d'indemnisation, accord économique, fin du trafic réglementé des paiements et des marchandises). Les échanges commerciaux s'élargirent et se caractérisèrent par des exportations suisses généralement excédentaires après 1974, alors que le bilan était auparavant négatif. Une série d'accords techniques (trafic aérien en 1968, transports routiers en 1980, propriété industrielle en 1981, double imposition en 1982) contribuèrent à cette évolution. rendue possible par la détente en Europe et dans le monde, par les réformes économiques prudentes entamées en H. et par l'ouverture culturelle.
Nombreux en effet furent les efforts de rapprochement sur le plan culturel. Friedrich Dürrenmatt sut séduire le public hongrois; des traductions d'auteurs hongrois virent le jour en Suisse; Agota Kristof et Christina Viragh, figures renommées des lettres helvétiques, sont d'origine hongroise. Après le virage démocratique de 1989, les relations entre la Suisse et la H. s'intensifièrent encore sur les plans politique, économique, social et culturel. Un traité d'arbitrage et de conciliation entra en vigueur en 1995. Encouragé par des conventions sur la protection des investissements (1989), sur l'aide financière (crédit de 30 millions de dollars en 1991, accord en 1993), sur la coopération technique (1993, 1994) et sur la protection sociale (1996), le trafic commercial augmenta à un rythme régulier et soutenu. Depuis l'adhésion de la H. à l'Union européenne, en 2004, ce domaine est régi par l'accord de libre-échange de 1972 entre la Suisse et l'UE ainsi que par les accords bilatéraux de 1999. La Suisse a contribué sensiblement à l'instauration de structures démocratiques et conformes à l'économie de marché, tant dans le cadre de l'aide aux pays de l'Est que par des contacts culturels. La fondation Pro Helvetia, par exemple, a animé une antenne à Budapest de 1992 à 2004 et subventionné des postes de lecteur aux universités de Budapest et de Pécs; l'organisation Présence Suisse parraine une double chaire de droit international public et de relations internationales à l'université de langue allemande de Budapest. La colonie suisse de H. comptait en 2005 environ 1250 personnes (dont quelque 500 doubles nationaux), tandis qu'environ 3500 Hongrois vivaient en Suisse.