En 1524, les conquistadors espagnols vainquirent différentes tribus mayas et incorporèrent leur territoire à l'empire colonial espagnol. L'Etat guatémaltèque fut fondé en 1839. Il était gouverné par une petite élite qui s'appuyait sur l'armée, régime autoritaire combattu dès 1961 par une guérilla de gauche. La guerre civile, sanglante, dura jusqu'en 1996.
Les relations consulaires de la Suisse avec le G. remontent à 1891. La légation, créée en 1957, fut élevée au rang d'ambassade en 1962 et on élargit les compétences de l'ambassadeur au Salvador et au Honduras. Le G. n'entretient en Suisse que des représentations consulaires, à Genève depuis 1902, plus tard à Zurich.
Des Suisses émigrés au G. ont participé à la colonisation du pays, aux exportations (indigo, cochenille et peaux de bovins), à la culture et au commerce du café depuis les années 1870. Les exportations suisses consistaient en montres et textiles au XIXe s., en machines et produits chimiques au XXe s. Trois accords, sur le commerce (1955), le trafic aérien international (1974) et les crédits mixtes (1989), ont renforcé les relations économiques bilatérales. La livraison d'avions civils suisses PC-7 posa problème, car ces appareils furent armés par la suite et utilisés contre des insurgés et des civils. Au G., l'aide au développement de la Confédération resta toujours modeste. Les œuvres d'entraide y développèrent ponctuellement des projets de formation, surtout en faveur de la population indienne. En 2003, 1137 Suisses, dont 934 doubles nationaux, vivaient au G.
Carl Gustav Bernoulli, médecin et biologiste, travailla au G. de 1858 à 1878. En 1877, il découvrit dans l'ancienne ville maya de Tikal des cadres de portes en bois, ornés d'inscriptions, qu'il expédia à Bâle. Jacobo Arbenz Guzmán, officier de carrière, fils d'un immigré suisse, fut porté démocratiquement à la présidence en 1950. Il fut renversé en 1954 avec l'aide des Etats-Unis, après avoir engagé une réforme agraire contraire aux intérêts des gros propriétaires terriens. Andreas Hoessli lui a consacré un film en 1995.