Le territoire de l'actuel H., conquis par les Espagnols en 1524, fit partie de l'empire du Mexique (1821-1823) et de la Fédération d'Amérique centrale (1824-1838), puis se constitua en république indépendante. Les Etats-Unis, qui y avaient des intérêts économiques, intervinrent plusieurs fois, au début du XXe s. Le pays connut de nombreux dictateurs; depuis 1982, il est gouverné démocratiquement.
Pour la Suisse, le H. n'a pas été une terre d'émigration et n'a jamais joué un grand rôle dans le domaine économique ou scientifique. Les relations économiques ont commencé au XIXe s.; elles consistaient en de modestes échanges de bananes et de café contre des produits finis, des machines et des produits chimiques. Elles ont donné lieu plus tard à une série d'accords bilatéraux: protection des investissements (1966), coopération technique (1978), octroi d'un crédit mixte de plus de 31 millions de francs pour la construction de l'usine hydroélectrique d'El Cajón (1981). Le H. fait partie des pays d'Amérique centrale bénéficiant d'un soutien prioritaire dans le cadre de l'aide suisse au développement. La Direction de la coopération au développement et de l'aide humanitaire a ouvert un bureau de coordination à Tegucigalpa en 1981, qui privilégie les projets relatifs à l'économie forestière, à la distribution d'eau potable et à l'énergie hydraulique, ainsi que la réparation des infrastructures endommagées par l'ouragan Mitch en 1998. La Suisse a représenté les intérêts du H. en Allemagne et en Hongrie (pendant la Deuxième Guerre mondiale) et à Cuba (1962-1985). Le H. entretient un consulat à Genève et un consulat honoraire à Zurich; la Suisse eut à Tegucigalpa un consulat honoraire (1936-1957) et un consulat général honoraire (1957-1967). Depuis 1957, l'ambassadeur suisse au Guatemala dispose d'une coaccréditation pour le H., où l'on comptait 254 Suisses en 2004, la plupart doubles nationaux.