C. devint colonie espagnole en 1511. En 1898, l'Espagne céda l'île aux Etats-Unis qui y instaurèrent une république en 1902; mais elle n'était qu'en partie souveraine car ils s'y réservèrent un droit d'intervention. Après plusieurs années de guérilla, le parti communiste prit le pouvoir en 1959 avec Fidel Castro. Le régime socialiste fut boycotté en tant que satellite de l'Union soviétique par les Etats occidentaux, l'Amérique en tête.
Au XIXe s. déjà, C. était l'un des pays vers lequel les maisons de commerce suisses exportaient. En 1827, le canton de Saint-Gall requit de la Diète fédérale la création d'un consulat à C. La Suisse n'ouvrit pourtant qu'en 1865 un consulat honoraire à La Havane. Fermé en 1876 durant la première guerre d'indépendance cubaine, il fut rouvert en 1918, puis successivement transformé en consulat général (1935), en légation (1951) et en ambassade (1957). Au cours de la Deuxième Guerre mondiale, la Suisse assuma un mandat de puissance protectrice pour C. en Allemagne, en France, en Italie et au Japon et, de facto, en Belgique et en Tchécoslovaquie. A la suite de la révolution cubaine de 1959, la Suisse représenta à La Havane les intérêts de nombreux Etats américains, dont les Etats-Unis (1961-2015). Entre 1991 et 2015, elle joua ce même rôle pour C. à Washington.
Jusqu'au début des années 1860, les exportations vers C. (montres, fromage et produits manufacturés notamment) connurent une évolution favorable. Cependant, la crise économique cubaine dans les années 1860, ainsi que les guerres d'indépendance et civiles qui marquèrent les décennies suivantes réduisirent de moitié les exportations suisses. C'est seulement au début du XXe s. que C., devenue protectorat américain, renoua avec la croissance économique et redevint un débouché attrayant pour les exportations suisses, en particulier les textiles. Bien que les échanges commerciaux aient faibli vers la fin des années 1920, le groupe Nestlé ouvrit sur l'île, en 1929, une usine de lait en boîte, qui sera étatisée en 1960. Afin de stimuler les relations économiques, la Suisse projeta de conclure un traité de commerce assorti de la clause de la nation la plus favorisée, mais celui-ci n'aboutit qu'en 1954 et, avant cette date, seul un accord de 1935 sur les tarifs douaniers minimaux lia les deux pays. Le commerce entre la Suisse et C. prospéra aussi après 1959. Alors que la moitié des livraisons de la Suisse se composait de produits chimiques et pharmaceutiques, le tabac constituait les deux tiers des exportations cubaines. A la suite de l'embargo commercial des Etats-Unis contre C. dans les années 1980, les entreprises américaines choisirent de préférence la Suisse pour y implanter les filiales grâce auxquelles elles pouvaient maintenir leurs relations commerciales avec C. Depuis 1997, il existe un traité de garantie à l'exportation entre la Suisse et C.
Le nombre de Cubains vivant en Suisse a fortement augmenté pendant la dernière décennie du XXe s., passant de nonante et un en 1990 à 1062 en 2001. La colonie suisse de C. comptait moins de cinquante membres en 1865, près de 200 dans les années 1950 et moins de 100 dans les années 1960. En 2001, 129 citoyens suisses vivaient à C. Encouragés entre autres par l'association Suisse-Cuba, les deux pays entretiennent des échanges culturels depuis les années 1980 (cinéma, littérature, théâtre). L'organisation MediCuba (1992) met la technologie suisse au service de l'industrie pharmaceutique cubaine, afin de soutenir la politique de santé publique de l'île. Pour une partie de la gauche suisse, la société socialiste de C., de même que Fidel Castro et Che Guevara, les deux figures charismatiques de la révolution, ont conservé jusqu'à présent leur caractère de modèles.