Le royaume de Malacca (M. occidentale ou péninsulaire), islamisé en 1414, fut occupé successivement par les Portugais (1511), les Hollandais (1641) et les Britanniques (1795). Une partie de la M. orientale (nord de l'île de Bornéo) passa aux mains d'intérêts privés britanniques entre la fin du XIXe et le début du XXe s. En 1948, la Grande-Bretagne créa la Fédération de M. en réunissant les neuf sultanats de la péninsule, Penang et Malacca (la M. devint indépendante au sein du Commonwealth en 1957). En 1963, Sabah et Sarawak (M. orientale) s'unirent avec Singapour (qui se retira en 1965) à la Fédération malaise (monarchie constitutionnelle).
Le Conseil fédéral reconnut la M. le jour même de la proclamation de l'indépendance en 1957, puis la nouvelle Fédération de M. en 1963. Une ambassade de Suisse fut ouverte à Kuala Lumpur en 1963 et un consulat à Kuching. Des accords bilatéraux furent conclus, notamment pour les services aériens (1968), la double imposition (1974) et la protection des investissements (1978). En 2005, environ 120 entreprises suisses étaient représentées en M.; elles occupaient quelque 20 000 personnes. Des Suisses sont actifs dans l'hôtellerie, le textile, le commerce international, la production d'aluminium et l'industrie légère (horlogerie, crayons, compteurs, appareils médicaux et électroniques). En partie couverts par la garantie contre les risques à l'exportation et financés par les grandes banques, les investissements directs suisses s'élevaient en 2005 à 1,494 milliard de francs. En 2007, les importations suisses (étain, caoutchouc, bois tropicaux) se montaient à 294,8 millions de francs contre 642,6 millions d'exportations (machines, montres, appareils de précision, produits chimiques et pharmaceutiques, avions de type Pilatus). La déforestation en M. a suscité des tensions à partir des années 1980: critiques des écologistes suisses, activité et disparition de Bruno Manser, conférences multilatérales, soutien de la Confédération à un programme de gestion des forêts. Son armée faisant des achats importants, la M. devint en 1993 le premier client de l'industrie militaire suisse. L'essor économique du pays entraîna une réduction des activités d'aide au développement (déjà limitées dans les années 1970) et une augmentation du nombre des Suisses résidant en M. (624 en 2006); 907 ressortissants malais vivaient dans la Confédération en 2006.