L'histoire du P., le pays le plus fortement islamisé du monde indien, se confond pendant des siècles avec celle de l'Inde. Au XIXe s., sa population participe avec les hindous au mouvement pour l'indépendance du sous-continent. Dès le début du XXe s., l'idée d'un Etat musulman séparé se développe progressivement. Fondé en 1947, l'Etat pakistanais (république islamique dès 1956) perd sa province orientale (Bangladesh) en 1971. Puissance nucléaire, le pays connaît à la fin du XXe-début du XXIe s. une forte instabilité politique.
En 1861, la maison de commerce Volkart frères ouvre une succursale à Karachi, puis un comptoir à Lahore et détermine la présence suisse dans le pays jusqu'aux années 1950. Le Conseil fédéral reconnaît le P. dès la proclamation de l'indépendance en 1947 et noue des relations diplomatiques en 1949. La légation de Karachi est transformée en consulat général en 1968, alors que l'ambassade est déplacée à Islamabad. La Confédération a également un consulat à Lahore. Le P. a ouvert une ambassade à Berne et un consulat général à Zurich. Un accord commercial signé en 1950 facilite les échanges. La Suisse importe surtout des tapis, du coton et des produits agricoles (pour 70,1 millions de francs en 2008), alors que le P. achète des machines, des produits chimiques et pharmaceutiques (pour 405,1 millions en 2008). En 2008, le P. a été le principal acheteur d'armes suisses (pour 74 millions de francs). Des accords bilatéraux relatifs aux transports aériens ont été conclus en 1952 et en 2001.
Les relations financières bilatérales sont relativement importantes. Dès les années 1950, la place zurichoise est appréciée par les hommes d'affaires pakistanais; des conventions visant à éviter la double imposition ont été signées en 1959-1962 et en 2005. Un accord concernant la promotion et la protection réciproque des investissements a été conclu en 1995. Au début du XXIe s., la Suisse se positionne parmi les dix premiers investisseurs étrangers au P. (266,5 millions de francs en 2007). Ces investissements se concentrent dans la pharmaceutique, la chimie (notamment l'agrochimie) et les machines pour l'industrie textile. En 2007, les entreprises suisses employaient plus de 13 000 personnes. Des accords bilatéraux de reconnaissance, consolidation et rééchelonnement des dettes pakistanaises ont été signés en 1973, 1974 et 2000-2002. Entre 1966 (signature d'un accord de coopération technique et scientifique) et 2008, le P. est un pays de concentration de l'aide au développement helvétique: des accords bilatéraux et multilatéraux organisent la production de lait, l'économie rurale, la formation professionnelle, la gestion des eaux et des forêts. De 1971 (troisième conflit indo-pakistanais) à 1976, la Confédération représente les intérêts du P. en Inde et vice-versa. A partir de 1955, les Suisses résidant au P. sont plus d'une centaine (303 en 2008), dont de nombreux ingénieurs et experts pour des séjours limités. En 2008, 2300 Pakistanais vivaient en Suisse.