L'île de M. fut découverte par les Portugais en 1506. Colonie française dès 1896, république autonome au sein de la Communauté française en 1958, M. accéda à l'indépendance en 1960. Après avoir adopté dès 1975 un système politique de type socialiste, le gouvernement malgache s'engagea au cours des années 1990 sur la voie des réformes libérales et du multipartisme. Au début du XXIe s., l'instabilité politique était encore assez importante dans le pays.
Le Conseil fédéral reconnut l'annexion de M. par la France en 1896, puis son indépendance le 26 juin 1960. Présents dès le XIXe s., les missionnaires (catholiques et protestants) formaient entre le tiers et la moitié des Suisses résidant à l'époque dans le pays. En 2005, la communauté suisse comptait 356 membres; les Malgaches vivant en Suisse étaient 466. Ouvert à Toamasina en 1925, puis transféré à Antananarivo en 1932, le consulat de Suisse fut transformé en ambassade en 1964. La Confédération représenta les intérêts d'Israël à M. de 1973 à 1993. Les relations culturelles avec l'île sont importantes (forte présence religieuse, recherches scientifiques et ethnologiques, bourses d'études).
Passant souvent par l'intermédiaire de la France, les échanges commerciaux consistent surtout en des importations de produits agricoles (M. est le premier fournisseur de la Suisse en vanille et clous de girofle) et des exportations d'horlogerie, de machines, d'appareils et de produits chimiques. En 2006, les importations s'élevaient à 7,3 millions de francs, les exportations à 2,8 millions. En 1963, Albert Masnata, directeur de l'Office suisse d'expansion commerciale, aida à la création de l'Office malgache d'exportation. Un accord bilatéral de commerce, de protection des investissements et de coopération technique fut signé en 1964. Dans les années 1970, M. devint un pays de concentration de la coopération au développement suisse. En 1998, la Direction du développement et de la coopération (DDC) ferma son bureau à Antananarivo. Elle lança en 2001 un programme spécial pour la bonne gouvernance et le développement rural (8,61 millions de francs accordés en 2006). Au début du XXIe s., plusieurs entreprises appartenant à des Suisses étaient actives à M. (hôtellerie, restauration, tourisme, bureaux d'étude et de gestion de projets). Parmi les sociétés suisses représentées sur l'île, on trouvait Holcim et la Société générale de surveillance.
Après un don de 15 millions de francs en 1978 pour le développement rural, 70 millions de francs furent versés de 1982 à 1990 comme aides à la balance des paiements afin d'acheter des biens de première nécessité. Dès 1981, M. négocia le rééchelonnement de ses dettes dans le cadre du Club de Paris. La coopération financière de la Suisse prit fin en 1999. A partir de cette date, seules des mesures de désendettement furent prises. La dette malgache (11,4 millions de francs) fut effacée en deux étapes en 2001 et 2004.