Le D. est le deuxième fleuve d'Europe par sa longueur (2850 km). Son bassin inclut des pays du centre et de l'est du continent: Allemagne, Autriche, Slovaquie, Hongrie, Serbie, Roumanie, Bulgarie, Ukraine; par l'Inn, qui se jette dans le D. à Passau, la Suisse fait aussi partie de son système fluvial. A l'époque romaine, les régions entre Inn et D. (actuellement en Suisse et en Allemagne) formaient la province de Rhétie. Le Plateau y était relié par deux grandes routes commerciales, l'une passant à l'est du lac de Constance (Vindonissa-Arbon-Augsbourg), l'autre à l'ouest (Zurzach-région des sources du D.). On transportait sur le fleuve du fer, de la céramique sigillée et des matériaux de construction. Au IIIe s., les Romains durent céder aux Alamans les territoires sis au nord du D., lequel marqua dès lors avec l'Iller et le Rhin la frontière de l'Empire, le limes. Un réseau de routes reliait la ligne de défense à l'arrière-pays (à l'ouest et au sud).
Au Moyen Age, les villes danubiennes étaient d'actifs centres de négoce. On descendait le fleuve depuis Ulm sur des barques à rame; le sel était la marchandise la plus importante. Des marchands suisses étaient en affaires avec Ulm par Constance et Schaffhouse. L'Inn servait au flottage du bois qu'on exportait de l'Engadine au Tyrol; sa vallée offrait en outre une voie de passage pour les hommes et les marchandises entre les pays danubiens et la Lombardie (route Vienne-Milan). Depuis le XVIe s., le D. vit passer à plusieurs reprises des troupes se rendant en Europe centrale et orientale, tels ces Suisses participant en 1595 aux guerres contre les Turcs. Pendant les guerres de la Révolution, le prince-évêque de Bâle s'enfuit à Ulm avec les archives épiscopales (1798) et de là, par le D., à Vienne (1800). Au XIXe s., les voyageurs continuèrent d'emprunter cette voie, par exemple des Suisses désireux d'émigrer en Russie
Le grand transit sur le D. prit son essor au XVIIe s., époque où l'on commença à placer son cours navigable sous les règles du droit international. Le traité de Paris (1856), qui mit fin à la guerre de Crimée, garantit la libre navigation à tous les Etats, même non riverains, et internationalisa le fleuve. Pour la Suisse aussi, un libre accès à la mer devint important après la Première Guerre mondiale, pour des raisons économiques. Un traité de commerce conclu en 1941 avec l'Union soviétique prévoyait de développer le trafic suisse sur le D.; il ne put entrer en vigueur, la guerre ayant éclaté entre l'Allemagne et l'URSS. Après la Deuxième Guerre mondiale, le statut juridique du fleuve fut l'objet de contestations. La Suisse n'obtint pas, en 1948, le siège qu'elle souhaitait à la Commission internationale du D.
Depuis Charlemagne, on tente de relier le D. au Rhin (Fossa Carolina). Si un projet suisse de 1897 (canal Rhin-Aar-Bodan-Danube) échoua dans l'immédiat après-guerre, malgré l'intérêt de l'économie privée, la vieille idée d'un réseau fluvial européen aboutit enfin en 1992, quand la mise en service du canal Main-Danube ouvrit à la navigation une liaison avec le Rhin.