L'un des principaux instruments de la protection de la nature est la délimitation des biotopes irremplaçables de certaines espèces animales et végétales. La demande de création de réserves, en particulier d'un parc national, est issue au XIXe s. des idées nouvelles concernant les rapports des hommes avec la nature, après que l'industrialisation et l'urbanisation eurent commencé à détruire de plus en plus d'espaces naturels. Le parc national de Yellowstone créé en 1872 aux Etats-Unis fut le premier du genre et servit de modèle.
En Suisse, le projet d'un parc national fut discuté en 1886 et réalisé en 1914 dans le contexte de l'institutionnalisation de la protection de la nature. Des tentatives de créer des réserves avaient déjà eu lieu auparavant. En 1906, le comité de la Société forestière suisse examina la question, soulevée dans une motion, avant que la Commission suisse pour la protection de la nature se saisisse de l'affaire. Un premier pas fut accompli aussi au niveau fédéral: l'article 702 du Code civil de 1907 prévoyait des expropriations destinées à protéger des monuments naturels. Par la suite, la Commission et la Ligue suisse pour la protection de la nature (LSPN, Pro Natura depuis 1997) inspirèrent la création de nombreuses réserves naturelles, en particulier celles de Saint-Jacques-sur-la-Birse (1910) et de la forêt du Dürsrüti à Lauperswil (1912). D'autres projets, par exemple celui d'une réserve dans la forêt d'Aletsch (glacier d' Aletsch), subirent parfois des retards de plusieurs dizaines d'années en raison de conflits d'intérêts.
L'attention fut surtout portée sur les lacs et les marais (par exemple avec l'initiative de Rothenturm en 1987) gravement menacés au cours de la première moitié du XXe s. par la colonisation intérieure, les intérêts économiques primant fréquemment sur ceux de la nature. C'étaient souvent les commissions cantonales qui proposaient et délimitaient de nouvelles régions à protéger, car, se trouvant sur place, elles étaient mieux placées pour agir que des organisations faîtières comme la Commission ou la Ligue.
A l'origine, on distinguait les réserves botaniques des réserves zoologiques, mais on en vint rapidement à les considérer comme un tout. Cependant, la position des politiciens et des scientifiques à l'égard des réserves resta ambivalente: derrière l'idée même de réserve on trouve, d'une part, une "pensée insulaire" pouvant conduire à négliger des évolutions problématiques dans les zones non protégées et, d'autre part, les germes d'une approche moderne et écologique de la nature.
Depuis 1946, la LSPN et le Heimatschutz se sont unis pour vendre le fameux écu d'or en chocolat dont le produit est affecté au sauvetage de monuments historiques et naturels et à la création de réserves. Entre 1963 et 1988, une commission réunissant le Club alpin suisse (CAS), la LSPN et le Heimatschutz dressa de sa propre initiative un inventaire des paysages et des monuments naturels d'importance nationale à protéger (Inventaires). Il fut partiellement repris en 1977 dans l'inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d'importance nationale (lui-même établi entre 1958 et 1967). Au début du XXIe s., la participation d'organismes privés à la création et à l'entretien de réserves continue à revêtir une grande importance; ainsi, Pro Natura s'est engagé en 2009 en faveur de plus de 700 lieux. En 2009, la Suisse compte plus de 3000 réserves protégées ou du moins inscrites à l'inventaire dans diverses catégories, ce qui représente globalement 54 786 ha ou 1,33% de la superficie totale du pays.