Avant même l'apparition des jardins zoologiques, les villes avaient des fosses où elles gardaient des animaux sauvages: ainsi, Berne eut des ours et des cerfs dès le XVe s. En 1869, Carl Anton Ludwig von Orelli, inspecteur forestier de la ville de Zurich, fonda le parc zoologique de Langenberg dans la commune de Langnau am Albis; on y montra d'abord la faune indigène, comme dans le jardin zoologique de Bâle, créé en 1874. Cependant, vu le faible intérêt du public, les responsables du "Zolli" de Bâle présentèrent un éléphant en 1868, puis d'autres animaux exotiques. De 1879 à 1935, on y organisa aussi vingt et une exhibitions de "nègres", "hommes-poissons" ou "Hottentots", avec des reconstitutions de leurs huttes. Le parc naturel et zoologique ouvert en 1925 sur le site de l'éboulement de Goldau abrite surtout des espèces européennes. Le zoo de Zurich, fondé en 1929 à l'initiative d'une coopérative privée, se consacre depuis sa création aux espèces exotiques et indigènes. Le jardin zoologique municipal de Berne, ouvert en 1937 au Dählhölzli, accueille principalement des espèces européennes. Outre ces cinq grands parcs, il existe en Suisse une soixantaine de zoos, pour la plupart privés.
Alors qu'au XIXe s., on montrait côte à côte le plus grand nombre possible d'espèces, on place aujourd'hui les animaux dans des reconstitutions de leur environnement naturel. Les petites cages ou maisonnettes de style exotique ont fait place à de vastes enclos paysagés. Les jardins zoologiques entendent aujourd'hui se vouer au délassement et à l'information du public, tout en contribuant à la recherche scientifique et à la préservation des espèces. Jusque dans les années 1970, la biologie des jardins zoologiques, en particulier la conception d'enclos adaptés aux espèces, dut beaucoup à la personnalité de Heini Hediger.
Les cinq grands jardins zoologiques suisses ont attiré en 2000 au total 2,8 millions de visiteurs. Bâle, Goldau, Langenberg et Zurich sont regroupés dans la société Zooschweiz, dont l'action, conformément à la stratégie mondiale des zoos pour la protection de la nature, définie en 1993, vise à la préservation des écosystèmes naturels et à la réalisation d'aménagements qui s'en inspirent (par exemple la nouvelle halle de Madagascar au zoo de Zurich). A la fin du XXe s., des organisations de protection des animaux sont intervenues pour dénoncer les conditions de vie dans plusieurs zoos privés, contraignant ainsi le zoo de Rapperswil (SG) à supprimer son delphinarium en été 1998.