Durant l'hiver exceptionnellement sec de 1853-1854, le lac de Zurich s'abaissa à un niveau qu'il n'avait pas atteint depuis des siècles, et les riverains en profitèrent pour gagner des terres. A cette occasion, on découvrit à Obermeilen (commune de Meilen) d'anciens pilotis, des outils lithiques, des os et des tessons de terre cuite, qui furent remis à l'instituteur du village, Johannes Aeppli. Invité à donner son avis, l'archéologue zurichois Ferdinand Keller les identifia comme étant les vestiges d'un ancien habitat qu'il data de l'ère préhistorique et, de manière erronée, attribua aux Celtes, conformément au sentiment national alors émergeant (archéologie).
S'appuyant sur le passage d'Hérodote (Histoires, V) relatif aux palafittes du lac Prasias en Thrace et sur les observations récemment faites en Nouvelle-Guinée par l'explorateur français Jules-Sébastien-César Dumont d'Urville, Keller développa ensuite sa célèbre théorie des lacustres: la densité des pieux, leur position verticale et leur situation dans les zones littorales de faible profondeur l'amenaient à conclure que les pilotis avaient servi à soutenir des plateformes de bois sur lesquelles se dressaient autrefois les maisons. Quoique la science fût alors incapable de donner une explication plausible à la construction de maisons sur pilotis au bord des lacs du Plateau suisse, la théorie de Keller resta longtemps incontestée. Diffusée par la publication de ses "rapports lacustres" (Pfahlbauberichte) et par ses contacts à l'étranger, elle fit de lui une personnalité éminente de la recherche dans ce domaine. Dès les années 1860, les lacustres suscitèrent un immense enthousiasme dans toutes les couches de la population, favorisé de plus par des reconstitutions graphiques imprégnées de romantisme. Des calendriers, des poèmes et des cortèges historiques contribuèrent à ancrer le mythe des lacustres dans la conscience populaire. Les milieux nationalistes en firent le symbole d'une Suisse unie depuis des millénaires et une légitimation de l'existence du jeune Etat fédéral vis-à-vis de l'extérieur. L'engouement pour les lacustres atteignit aussi l'étranger et y motiva des recherches qui aboutirent à la découverte de nouveaux sites le long de l'arc alpin.
S'il peut être considéré à juste titre comme le fondateur de la théorie des lacustres, Keller n'est pas celui qui a découvert les palafittes, dont les premières mentions apparaissent dans des manuscrits du XVe siècle. Avant Obermeilen, plusieurs champs de pilotis avaient été découverts en Suisse occidentale, et régulièrement explorés par des collectionneurs d'antiquités, tels Albert Jahn et Emanuel Friedrich Müller. La publication du premier rapport de Keller en 1854 dans les Mitteilungen der Antiquarischen Gesellschaft in Zürich et surtout la première correction des eaux du Jura (1868-1891) furent suivies d'un intense commerce d'objets archéologiques; de nombreuses pièces furent même vendues à des musées suisses et étrangers, tandis que la forte demande d'antiquités lacustres donnait lieu à une production foisonnante de faux.
En Suisse occidentale, la recherche s'enrichit principalement des importants travaux de Frédéric Troyon, Adolphe Morlot, Johann Uhlmann, Friedrich Schwab, Edouard Desor, Victor Gross et Edmund von Fellenberg. En Suisse orientale et dans la région du lac de Constance dominent les noms de Jakob Messikommer et Caspar Löhle. La question des lacustres suscita aussi des travaux pionniers dans le domaine des sciences naturelles, tels Die Pflanzen der Pfahlbauten (1865), d'Oswald Heer, et Die Fauna der Pfahlbauten der Schweiz (1862), de Ludwig Rütimeyer. La théorie de Keller sur les lacustres resta largement admise jusqu'au milieu du XXe siècle. Il fallut attendre les fouilles d'Emil Vogt dans le Wauwilermoos lucernois pour que surgît une longue controverse en Suisse sur la forme des constructions palafittiques, maisons à même le sol pour certains et maisons surélevées (sur pilotis) pour d'autres. Les fouilles plus récentes ont montré que les deux types ont existé, aussi bien les habitations à même le sol que les constructions élevées au-dessus de la terre ferme (stations littorales).