En Suisse, le regroupement administratif de villages et de hameaux est attesté depuis le Moyen Age. La structure interne de nombreuses de communes actuelles correspond encore à leur fractionnement originel, notamment dans l'Obwald, au Tessin et dans le canton de Vaud. Certains regroupements furent dictés par le pouvoir seigneurial. Ainsi les communes de Bogis et Bossey furent réunies par Berne en 1542, celles de Wangen et Brüttisellen par Zurich au XVIIe s. La fusion proprement dite suppose l'existence d'un cadre juridique définissant l'organisation communale, ce qui fut le cas pour la première fois sous la République helvétique avec la loi sur les municipalités.
La notion de fusion des communes recouvre plusieurs phénomènes: d'abord, l'intégration par des communes autonomes du territoire qui les entoure et de ses habitants en vue de la création d'une nouvelle entité communale. 250 communes disparurent ainsi entre 1850 et 1990, la plupart dans les cantons de Berne (36 fusions), Thurgovie (35), Fribourg (30), Zurich (29), Grisons (27), Tessin (20) et Argovie (19). La Suisse comptait 3205 communes en 1850, 3164 en 1900, 3101 en 1950, 2955 en 1990 et 2840 en 2003. Cette baisse du nombre de communes est un phénomène récent. Le nombre annuel de fusions diminua toutefois après 1950 au profit de la coopération intercommunale. Mais depuis la fin du siècle dernier, on encourage à nouveau le regroupement des petites communes dépassées par leurs tâches pour des raisons tant administratives que financières, notamment dans les cantons de Lucerne, de Fribourg, de Soleure et du Tessin. On estime qu'une commune doit compter au moins 2500 (Fribourg) à 3000 (Lucerne, Tessin) habitants. Mais les projets de fusion suscitent des résistances, notamment à cause de la perte d'autonomie qui en résulte ou pour des raisons de patriotisme local. Il arrive aussi, mais plus rarement, qu'une commune se scinde en deux ou trois nouvelles entités administratives: Arosa se sépara de Davos en 1851 et Bolligen fut divisée en Ostermundigen, Ittigen et Bolligen en 1983.
La fusion signifie aussi le rattachement de différentes communes à une commune centrale qui reprend tous les droits et les devoirs de ces dernières. Cette opération s'imposa dès 1900 suite à la formation d'agglomérations urbaines: à Zurich (1893, 1934), à Bienne (1900, 1917, 1919), à Bâle (1908), à Berne (1919) et à Genève (1931) notamment. L'opération de ce type, la plus récente, et d'une certaine importance, a eu lieu en 2004: Lugano a alors accueilli sept communes des alentours.
Enfin, fusionner des communes signifie aussi réunir sous un même toit administratif, financier et politique plusieurs types de communes assumant des fonctions diverses dans une région donnée, telles que les communes politiques, les communes scolaires ou les communes civiles (Zivilgemeinde). La réforme structurelle la plus marquée se déroula dans le canton de Thurgovie, dont le dualisme communal historique fut aboli au profit d'une seule entité politique. Depuis 2000, 38 municipalités ou communes municipales (Munizipalgemeinde) comprenant en tout 144 communes locales (Ortsgemeinde) et 35 municipalités ne comprenant qu'une seule commune locale (Einheitsgemeinde) y furent remplacées par 80 communes politiques formant chacune une entité géographique, culturelle et économique chargée d'assumer toutes les tâches.