Branche de la Biologie, la botanique, ou science des plantes, est dite aussi phytobiologie ou biologie végétale. Les Grecs furent les premiers à ordonner leurs connaissances sur les plantes domestiques et médicinales (Sélection végétale). Nous sont parvenus notamment deux traités de Théophraste (IVe-IIIe s. av. J.-C.) qui, avec le De materia medica du médecin militaire romain Dioscoride (env. 60 apr. J.-C.) et ses quelque 600 descriptions de plantes, constituèrent la base de la Pharmacie et de la botanique jusqu'au XVIIe s. On se référa aussi jusqu'à l'époque moderne à l'Histoire naturelle de Pline.
Au Moyen Age, les monastères, comme Saint-Gall, Reichenau ou Allerheiligen (SH), cultivaient des Plantes médicinales dans leurs Jardins qui pendant un millénaire servirent de modèle à ceux des paysans. Le fameux plan du monastère de Saint-Gall et de son jardin date du IXe s., de même que le Liber de cultura hortorum du moine de Reichenau Walafrid Strabon (809-849). Au XVIe s., la botanique connut un renouveau avec Otto Brunfels, futur médecin de la ville de Berne, Hieronymus Bock (1498-1554) et Leonhart Fuchs (1501-1566). Ils rédigèrent des traités illustrés, basés sur leurs propres observations, qui font d'eux les "pères de la botanique allemande". Le principal ouvrage de Leonhart Fuchs sortit de presse en 1542 chez Michael Isengrin à Bâle, ville où parurent d'autres traités de ce genre. Konrad Gessner, qui s'efforçait de cultiver des plantes sauvages dans deux Jardins botaniques privés et qui a laissé un traité inachevé aux illustrations très précises, publia les premiers rapports botaniques d'excursions alpines (au Pilate en 1555, au Stockhorn et au Niesen en 1558, au Calanda en 1559) avec l'appui de ses correspondants Benedikt Aretius à Berne, Johann Fabricius Montanus à Coire, Fridolin Brunner à Glaris et Kaspar Ambühl à Sion. Caspar Bauhin, anatomiste et botaniste, perfectionna la systématique des plantes, fonda en 1589 le premier jardin botanique de l'université de Bâle et réalisa un herbier de plus de 4000 plantes. Vers 1700, Johann Jakob Scheuchzer entreprit neuf voyages d'herborisation en Suisse. Elève de Scheuchzer, Johannes Gessner initia Albert de Haller à la botanique alors qu'ils étudiaient ensemble à Bâle. Haller établit peu à peu un réseau de correspondants locaux et publia à Göttingen en 1742 le premier traité complet et scientifique sur la flore suisse, basé sur les découvertes faites lors de ses herborisations. Une seconde édition entièrement revue parut en 1768. Les recherches sur la flore alpine connurent ainsi un élan durable; elles attirèrent des savants suisses et étrangers (Thomas Blaikie, Johann Christoph Schleicher, Robert James Shuttleworth). A cette époque, la botanique commença à se détacher de la Médecine; la pharmacologie avait créé entre elles un lien qui subsista souvent, sur les plans institutionnel et personnel, jusqu'au XIXe s.
A la fin du XVIIIe s., Genève devint un centre international de la botanique; une centaine de savants y travaillèrent jusqu'en 1850. Quatre événements majeurs marquèrent cet essor: la fondation de la Société de physique et d'histoire naturelle de Genève en 1791, la création d'un cours de botanique à l'académie en 1802, la fondation de la Société suisse d'histoire naturelle en 1815 (Académie suisse des sciences naturelles) et la création du conservatoire botanique en 1824. Outre Jean-Jacques Rousseau, on compte parmi les premiers botanistes genevois Charles Bonnet, Jean Senebier et Nicolas Théodore de Saussure, pour ne citer que les plus connus. Ils étudièrent les échanges gazeux et la nutrition des plantes; ils introduisirent les méthodes expérimentales et quantitatives en physiologie végétale. Avec Augustin-Pyramus de Candolle et son fils Alphonse débuta l'âge d'or de la botanique genevoise. Formés à Paris, tous deux s'intéressèrent à la distribution et à la classification des espèces végétales.
A Zurich comme à Berne, le développement de la botanique fut étroitement lié aux sociétés d'histoire naturelle, fondées en 1746 et 1786 (Sociétés savantes). Celles-ci créèrent les conditions favorables à l'établissement de chaires universitaires en entretenant des jardins botaniques, des collections d'histoire naturelle et des bibliothèques. Le paléobotaniste Oswald Heer, fondateur du Musée botanique (1855) et des collections botaniques (1859) de l'EPF, fut actif pendant presque cinquante ans à Zurich, qui exerça aux XIXe et XXe s. un rayonnement international. Hans Schinz créa en 1895 à l'université de Zurich l'institut de botanique systématique. Eduard August Rübel fonda en 1918 un institut privé de géobotanique, qu'il légua en 1958 à l'EPF. Les successeurs d'Oswald Heer enrichirent systématiquement les collections, de sorte que Zurich possède, tout comme Genève, un des vingt plus importants herbiers du monde, depuis que ceux de l'EPF et de l'université sont réunis (1990). La chaire de botanique de Berne fut occupée entre 1860 et 1933 par Ludwig Fischer et son fils Eduard, qui s'intéressèrent avant tout à la floristique et la mycologie.
A Bâle, la chaire de botanique, liée à celle d'anatomie depuis presque 250 ans, devint indépendante en 1836. Karl Friedrich Meissner, qui l'occupa le premier, déplaça le jardin botanique de l'église des dominicains à l'Aeschentor entre 1838 et 1840. Le juriste Hermann Christ se voua à l'étude de la végétation alpine, des jardins paysans et de la systématique des fougères. August Binz publia son manuel populaire de détermination destiné aux écoles et aux amateurs.
A l'académie de Lausanne, l'existence d'une société d'histoire naturelle influença aussi le développement de la botanique. Le premier professeur extraordinaire, Edouard-Louis Chavannes, fut nommé en 1835. Neuchâtel ne créa qu'en 1868 une demi-chaire, qu'occuperont Henri Spinner et, dès 1946, Claude Favarger, fondateur de l'institut neuchâtelois de botanique. Depuis 1896, Max Westermaier enseigna la botanique à l'université de Fribourg, nouvellement fondée.
Après la Deuxième Guerre mondiale, la rapide augmentation du nombre d'étudiants et la multiplication des domaines de recherche en botanique entraînèrent la création de nouvelles sections et de nombreux postes d'enseignement. En même temps, les liens avec d'autres sciences se renforcèrent et la recherche s'inscrivit progressivement dans un cadre plus général (biologie moléculaire ou environnementale, biotechnique). A l'EPF de Zurich, cette évolution provoqua la création, entre autres, des instituts de Microbiologie (1963), de biologie cellulaire (1974), de recherches sur la forêt et le bois (1979), de sciences des plantes (successeur en 1986 de celui de botanique générale et indirectement de celui de botanique appliquée supprimé en 1980) et d'écologie terrestre en 1990; le corps enseignant comptait quarante-deux personnes en 1990. Une évolution comparable eut lieu dans la plupart des hautes écoles suisses. Des recherches se poursuivent aussi en dehors des universités, dans l'Industrie chimique et par exemple dans les Stations fédérales de recherches agronomiques, à l'Institut fédéral de recherches sur la forêt, la neige et le paysage, à l'Institut fédéral pour l'aménagement, l'épuration et la protection des eaux. L'intérêt des particuliers pour la botanique ne s'est jamais démenti; il se manifeste par un grand nombre d'études sur la Flore, lesquelles gagnent en importance à cause de l'industrialisation croissante de l'agriculture tout en aidant à faire connaître et à maintenir la biodiversité (protection de la Nature).