On entend par histoire de l'Eglise, branche enseignée en Suisse et dans l'espace germanophone dans les facultés de théologie, la recherche scientifique sur l'Eglise et le christianisme. Certains de ses sujets sont également abordés, dans une perspective profane, par l'histoire générale.
L'histoire de l'Eglise fut traitée dès les débuts du christianisme et le Moyen Age. Elle faisait alors partie intégrante de l'histoire mondiale et était interprétée comme l'histoire du salut. L'humanisme et la Réforme amenèrent l'apparition d'une véritable discipline historique. Le premier revalorisa les sources antiques et incita à rédiger des chroniques de villes. A la suite de la division confessionnelle née de la seconde, les protestants cherchèrent à légitimer leur réforme de l'Eglise, les catholiques à défendre la tradition. Le théologien zurichois Johann Heinrich Hottinger écrivit une Historia ecclesiastica (1651-1667), son fils Johann Jakob une Helvetische Kirchengeschichte (4 vol., 1698-1729). Du côté catholique, Heinrich Murer, chartreux à Ittingen, écrivit une Helvetia Sancta (1648), Johann Kaspar Lang, curé à Frauenfeld, un Historisch-theologischer Gründ-Riss der alt- und jeweiligen christlichen Welt (2 vol., 1692). Ces écrits étaient empreints de polémique confessionnelle (Confessionnalisme) qui portait surtout sur les légendes de l'Antiquité et du Moyen Age. On mentionnera également les histoires des principales abbayes bénédictines de l'époque. Abraham Ruchat, professeur d'éloquence à l'académie de Lausanne dans la première moitié du XVIIIe s., est le premier historien de l'Eglise au Pays de Vaud.
Une nouvelle étape fut amenée par la recherche historico-critique du XIXe s., qui exploita l'hagiographie médiévale (vies de martyrs et de moines), les chroniques, y compris celles des villes, datant de la fin du Moyen Age, les annales, plus récemment les sources archéologiques. Ernst Gelpke, professeur à Berne, écrivit une Kirchengeschichte der Schweiz qu'il ne put poursuivre au-delà de l'époque carolingienne (2 vol., 1856-1861). Les Studien und Beiträge zur Schweizerischen Kirchengeschichte (3 vol., 1902-1908) du prêtre lucernois Bernhard Fleischlin s'arrêtent à la Réforme. La recherche scientifique fut stimulée par la fondation de deux revues, la Zwingliana (1897, réformée) et la Revue d'hist. ecclésiastique suisse (1907, catholique, depuis 2004 Revue suisse d'histoire religieuse et culturelle). Les revues d'histoire cantonales et régionales ont également publié nombre de travaux sur le sujet. Une vue d'ensemble succincte pour la Suisse, limitée à l'Eglise catholique pour les temps postérieurs à la Réforme, fut publiée en 1935 par Theodor Schwegler, bénédictin d'Einsiedeln. Du côté réformé, le Zurichois Rudolf Pfister, pasteur et professeur honoraire, est l'auteur d'une Kirchengeschichte der Schweiz (3 vol., 1964-1984) qui inclut l'Eglise catholique et d'autres communautés religieuses. L'Histoire du christianisme en Suisse, parue en 1994, est une œuvre collective de savants des Eglises chrétiennes et de la communauté juive. L'histoire de l'Eglise figure aussi dans les anciens périodiques, les histoires cantonales et celles des diocèses. Depuis 1964, le Fonds national suisse pour la recherche scientifique soutient la parution d'Helvetia Sacra, ouvrage de référence pour l'histoire des institutions ecclésiastiques catholiques.
L'histoire de l'Eglise est enseignée dans toutes les facultés de théologie de Suisse (sauf à Neuchâtel); à Fribourg, Lucerne et Coire, elle est associée à la patrologie, soit l'étude des Pères de l'Eglise. Les réformés s'intéressent plus à l'histoire de la théologie, les catholiques aux aspects institutionnels. Dans les deux confessions, on met maintenant davantage l'accent sur l'histoire sociale, sur les mentalités et la vie quotidienne.