On appelle objecteur de conscience celui qui, en raison de ses convictions, refuse d'accomplir le service militaire obligatoire, inscrit en 1874 dans la Constitution fédérale (art. 18), mais déjà connu dans la Confédération depuis le bas Moyen Age. Jusqu'en 1927, l'objection était assimilée à la désertion et sévèrement punie.
L'objection de conscience apparut en Suisse au XVIe s. avec les anabaptistes qui refusaient le service armé pour des motifs religieux. A la fin du XIXe s., le phénomène prit de l'ampleur et des voix s'élevèrent pour demander sa décriminalisation (Antimilitarisme, Pacifisme). Une pétition, rejetée par le Conseil fédéral, lança en 1903 le débat politique sur l'introduction d'un service civil.
Le Code pénal militaire de 1927 (art. 81) distinguait pour la première fois l'objection de la désertion, mais sans la dépénaliser. La révision de ce Code en 1950 amena des allégements dans l'exécution de la peine pour les cas de refus de servir dus à des motifs religieux ou à une grave détresse morale: emprisonnement dans un cadre civil et abandon des peines infamantes.
Pendant la guerre mondiale et jusqu'à la fin des années 1950, l'idée de service civil n'eut plus guère de partisans, alors que l'on ne comptait en moyenne que dix condamnations par an pour refus de servir. Mais ce chiffre s'accrut dès le début des années 1960, à un rythme de plus en plus rapide, pour atteindre un sommet en 1984, avec 788 refus de servir, dont 360 pour raisons de conscience. L'opinion publique commença à se préoccuper de ce problème.
On prit bientôt des mesures concrètes. Ainsi, la révision de 1967 du Code pénal militaire élargit, en ajoutant aux motifs religieux les motifs éthiques, l'éventail de ce que l'on reconnaissait comme refus de servir pour raisons de conscience. On réduisit pour ces "vrais objecteurs" la durée des peines de prison et on leur facilita la dispense de service armé. D'autre part, les partisans d'un service civil s'efforcèrent d'obtenir une modification constitutionnelle. Deux initiatives en ce sens furent refusées par le peuple en 1974 et 1984. Une troisième incita le Parlement à entreprendre et à approuver en 1990 une révision du Code pénal militaire: la "réforme Barras" prévoyait, sans abolir l'obligation de servir, d'en décriminaliser le refus pour raisons de conscience; les objecteurs devaient être astreints à des travaux civils. Comme cette révision laissait l'appréciation des motifs aux tribunaux militaires, elle fit l'objet d'un référendum, mais fut acceptée en 1991 par presque 56% des voix. L'organisation du service du travail fut confiée à l'Office fédéral de l'industrie, des arts et métiers et du travail.
Une pétition lancée en 1989 déjà par le conseiller national Helmut Hubacher aboutit à l'inscription d'un service civil dans la Constitution (révision de l'art. 18 approuvée en 1992 par 82,5% des voix; art. 59 de la Constitution de 1999). Le principe du service militaire obligatoire est maintenu, mais la loi prévoit un service civil de remplacement pour "les personnes astreintes au service militaire qui démontrent de manière crédible qu'elles ne peuvent concilier le service militaire avec leur conscience". La loi sur le service civil et l'ordonnance d'application sont entrées en vigueur en 1996. L'organe d'exécution relève du Département fédéral de l'économie.