Le mouvement de renouveau ecclésiastique au XIe siècle (Réforme de l'Eglise) mit fin à l'unité caractéristique que l'Eglise avait formée avec l'Empire au long du haut Moyen Age et chercha à diminuer l'influence des laïcs en affirmant la prépondérance du clergé. Cette réforme dite grégorienne, du nom du pape Grégoire VII, se dressa contre la nomination des évêques par l'empereur (interdiction de l'investiture laïque en 1075). Mais ce dernier ne pouvait renoncer à son influence dans le choix des évêques allemands, qui détenaient comme princes d'Empire d'importants fiefs de la couronne: telle fut la cause de la querelle des Investitures, conflit entre la papauté et l'Empire, entre Grégoire VII et Henri IV (banni en 1076), puis entre leurs successeurs, et qui déchira aussi la Souabe et la Bourgogne.
Comme de nombreuses familles nobles (Rheinfelden, Zähringen, Guelfes, Nellenburg, Habsbourg, Kibourg, Toggenbourg) soutenaient la réforme dans le sud de la Souabe, cette région devint l'un des centres de la résistance au pouvoir impérial, attitude renforcée par la supériorité culturelle du sud de l'Empire sur le nord et par l'opposition contre le pouvoir croissant des Saliens. Le duc de Souabe Rodolphe de Rheinfelden, chef des princes rebelles, fut élu par eux antiroi contre Henri IV (1077). Ce dernier le priva en 1079 de son titre ducal, qu'il remit au comte Frédéric de Hohenstaufen (Staufen). Le parti de l'empereur en Souabe du Sud se réduisit dès lors aux Lenzbourg et à l'abbé de Saint-Gall, Ulrich; Eggehard de Nellenburg, abbé de Reichenau de 1073 à 1088, et les évêques de Constance et de Coire, Gebhard de Zähringen et Ulrich II de Tarasp, se rallièrent au parti de la réforme.
En Bourgogne, les évêques de Sion, Lausanne et Bâle restèrent fidèles à l'empereur – comme nombre d'évêques dans les autres parties de l'Empire –, de même que des seigneurs de moindre rang, comme les comtes d'Oltigen. Burcard d'Oltigen, évêque de Lausanne de 1056 à 1089, était un adversaire de la réforme; son successeur, Conon de Fenis, approuva la réforme, mais continua de soutenir l'empereur, tout comme son frère Bourcard de Fenis, évêque de Bâle. Conon fonda l'abbaye de Cerlier (moines venus de Saint-Blaise, Forêt-Noire), Bourcard le prieuré de Saint-Alban à Bâle (moines venus de Cluny). L'antiroi Rodolphe de Rheinfelden perdit ses droits en Bourgogne au profit du comte Guillaume II de Bourgogne (Guillaume III dans l’historiographie allemande), dit l'Allemand, qui étendit son pouvoir au-delà du Jura jusqu'à Romainmôtier et au lac de Bienne.
Après la mort de Rodolphe de Rheinfelden, en 1080 à la bataille de l'Elster contre Henri IV, et après celle de son fils Berthold en 1090, l'héritage revint à son beau-fils le comte Berthold II de Zähringen, élu à son tour duc de Souabe par le parti réformiste en 1092. Les Zähringen, originaires de la Forêt-Noire, entreprirent à ce moment une expansion vers le sud-ouest. Vers 1090, ils fondèrent Fribourg-en-Brisgau, un peu plus tard Stein am Rhein près de l'abbaye de Saint-Georges, puis un faubourg à Zurich. Dans l'arrangement entre les deux ducs rivaux (1098), les Hohenstaufen (Staufen) reçurent le duché de Souabe, les Zähringen conservèrent le titre de duc, le bailliage impérial de Zurich et l'alleu des Rheinfelden en Bourgogne. Sous l'empereur Henri V, les deux familles coexistèrent à peu près pacifiquement. Le conflit reprit après l'élection de Lothaire de Saxe au trône impérial (1125), car Conrad de Hohenstaufen, en sa qualité de plus proche parent du défunt Henri V, se fit élire lui aussi roi de Germanie en 1127. Lothaire put s'assurer les Grisons, avec Coire, Pfäfers, Disentis et les cols rhétiques. Après le meurtre du comte Guillaume III l'Enfant (Guillaume IV selon la numérotation allemande) à Payerne (1127), il remit à son allié Conrad de Zähringen le rectorat de Bourgogne, c'est-à-dire qu'il en fit son représentant dans les territoires du sud-ouest, de part et d'autre du Jura. Cela offrait aux Zähringen la possibilité de retrouver une position analogue à celle qu'avait occupée Rodolphe de Rheinfelden en Souabe et en Bourgogne.
La querelle des Investitures se termina en 1122 par le concordat de Worms, compromis qui reconnut à l'empereur un contrôle sur l'élection des évêques et le droit de leur conférer l'investiture temporelle par le sceptre, mais pas l'investiture spirituelle par la crosse et l'anneau. Une des conséquences du conflit fut la disparition progressive des églises et monastères privés, l'investiture laïque étant remplacée par les droits de patronage.