Le bassin de l'A. s'étend sur 17 617 km2, soit la majeure partie de la Suisse au nord des Alpes. L'A. recueille les eaux des Alpes bernoises, du Plateau vaudois, bernois et argovien, de la plupart des vallées méridionales du Jura, puis, par la Reuss et la Limmat qu'elle reçoit peu avant de se jeter dans le Rhin, celles de la Suisse centrale et d'une bonne partie de la Suisse orientale.
Dès la préhistoire, son cours devint, dans sa partie inférieure surtout, une zone de colonisation privilégiée, très souvent à la limite entre les civilisations de l'est et de l'ouest du Plateau. La définition des provinces romaines obéit aux données géographiques: la Germanie supérieure recouvrait à peu près le bassin de l'A. Avec la Thielle et les trois lacs du pied du Jura, l'A. forma durant toute l'Antiquité l'axe du Plateau, offrant une voie navigable directe entre Aventicum et Vindonissa et, au-delà, une liaison entre Genève et le Rhin (Voies d'eau).
Au début du haut Moyen Age, l'A. devint une frontière, séparant jusqu'en 1828 les diocèses de Lausanne et de Bâle à l'ouest de celui de Constance à l'est et marquant approximativement la limite entre les aires burgonde et alémane. L'espace compris entre l'A. et la Sarine fut dès le VIIe s. une zone de contact et il l'est resté jusqu'à ce jour sur le plan linguistique. Durant la période carolingienne, la région de l'A., à l'exception des bassins de la Reuss et de la Limmat, fut unie jusqu'au partage de 843, qui fit de la rivière la ligne de démarcation entre la Lotharingie et la Germanie. Le royaume de Haute-Bourgogne institué en 888 s'étendit quelque temps bien au-delà de l'A. vers le nord-est. A partir du Xe s., sous les Ottoniens, et surtout au début du XIe s., sous les Saliens, la région se vit incorporée plus étroitement au Saint Empire et, dès 1127, au rectorat de Bourgogne, que les Zähringen tentèrent d'unifier en fondant des villes des deux côtés de la rivière. Dès le début du XIIIe s., l'A. fut à nouveau une frontière, entre les deux landgraviats de Bourgogne, que les Kibourg réunirent en 1375. Aux XIVe-XVe s., la ville de Berne réussit à fondre dans un même Etat toute la région de l'A. depuis l'Oberhasli jusqu'en aval de Brugg, à la seule exception de Soleure et d'Olten. La République helvétique et l'acte de Médiation firent apparaître une nouvelle entité politique: le canton d'Argovie. Son nom devait rappeler celui de l'Aaregau du haut Moyen Age, qui englobait aussi, en réalité, la région aujourd'hui bernoise de la Haute-Argovie.
Les rives de l'A., voie de communication naturelle, se colonisèrent facilement. On franchissait l'A. à Soleure, Olten et Altenburg près de Brugg (sites romains), à Bargen, Wynau et aux environs de Windisch. Les possibilités de traversée, de péage ou de souste jouent un grand rôle dans la fondation de plusieurs villes, à la fin du XIIe et au XIIIe s.: Unterseen, Thoune, Berne, et Oltigen, en amont, Aarberg, Büren an der A. et sa voisine Nidau sur la Thielle, Altreu, Wangen an der A., Aarwangen, Fridau, Aarbourg, Olten, Aarau, Brugg et Klingnau, en aval. D'autres localités doivent leur existence à un bac, comme Meienried au confluent de l'A. et de la Thielle ou Freudenau-Stilli près de celui de l'A., de la Reuss et de la Limmat.
En amont d'Aarberg, l'A. était une voie nord-sud, en aval elle servait au trafic est-ouest. Dans sa partie la plus haute, elle fut longtemps, avec les lacs de Thoune et de Brienz, le plus important sinon l'unique moyen de se rendre dans les vallées de l'Oberland bernois, privées de tout chemin carrossable jusqu'au milieu du XIXe s. Seul le Bödeli séparant les deux lacs devait être franchi par voie de terre dès le XIVe s. à cause du barrage construit par le couvent d'Interlaken. De Thoune, la majeure partie des biens destinés à Berne (bêtes de boucherie, produits laitiers, matériaux de construction, bois de chauffage) étaient acheminés par bateau ou radeau jusqu'au Marzili au pied de la ville. Dans l'autre sens, on transportait du vin et des céréales panifiables. Descendant l'A., le bois de l'Oberland ou des vallées de la Sarine et de l'Emme était flotté jusqu'à Bâle et même jusque dans la région du Rhin inférieur. Les bateliers de la ville de Berne assuraient le trajet entre leur cité et Aarberg, de même que le transport des personnes et des marchandises d'Yverdon à Brugg par Nidau ou à la foire de Zurzach par Klingnau.
Beaucoup plus important encore était le trafic au sud-ouest, en direction de Genève et de la vallée du Rhône, et au nord-est, en direction de Bâle, Zurich et la Haute-Souabe. Il concernait essentiellement le vin, le sel (dans les deux sens) et les céréales. A partir du XVe s., la perception des taxes sur les produits transportés par eau fut l'objet de négociations entre Berne et Soleure. Il y avait des péages à Aarbourg, Soleure et Brugg-Altenburg. Aux XVIIe et XVIIIe s., les deux villes réglèrent les litiges opposant leurs corporations de bateliers. En vue d'améliorer la liaison fluviale entre le Léman et le Rhin, on entreprit en 1638 la construction du canal d' Entreroches. Cet ouvrage resté inachevé (seul le tronçon Yverdon-Cossonay fut ouvert à la navigation, jusqu'en 1829) aurait raccourci de deux tiers la route Yverdon-Morges. A partir de 1647, le canal d'Aarberg relia pendant quelques décennies la Broye, entre les lacs de Morat et de Neuchâtel, à l'A.
De véritables nœuds de communication se développèrent aux croisements des grands axes et de l'A., par exemple à Olten-Aarbourg (route de Bâle au Gothard par le Bas-Hauenstein) ou à Brugg (route de Bâle aux cols des Grisons par le Bözberg). L'amélioration des artères régionales, notamment la construction des routes reliant Lausanne à l'Argovie par Berne et au Haut-Hauenstein par le pied du Jura, imposa une concurrence grandissante à la navigation sur l'A., à laquelle, après un sursaut passager dû au bateau à vapeur, le chemin de fer porta un coup mortel à partir des années 1850. Le projet du XIXe-XXe s. de rouvrir l'A. à la navigation (canal du Rhône au Rhin) fut définitivement abandonné en 1993. Dans la seconde moitié du XIXe s., d'importants aménagements modifièrent le paysage fluvial sur la quasi-totalité de son cours, de Meiringen à Koblenz. Les bouleversements les plus profonds affectèrent le Seeland bernois dans les années 1870 et 1880, lors des travaux de Correction des eaux du Jura qui détournèrent le cours de l'A. dans le lac de Bienne, par les canaux de Hagneck et de Nidau-Büren.
Depuis le début du XXe s., l'A. est intensivement exploitée pour produire de l'électricité: elle ne compte pas moins de vingt usines au fil de l'eau, à commencer par celles de l'Oberhasli; elle refroidit en outre les centrales nucléaires de Mühleberg, Gösgen et Beznau. Rares et brefs sont ses tronçons qui ont conservé un cours et des rives où l'intervention humaine est restée discrète. Cela ne l'empêche pas de servir de zone de délassement, malgré les protestations des écologistes.
