On désigne ainsi le conflit qui opposa la Confédération à la Prusse entre 1856 et 1857 à propos de Neuchâtel. Le statut juridiquement double de Neuchâtel, à la fois canton suisse et principauté appartenant au roi de Prusse, fut confirmé au congrès de Vienne (1815). En 1848, les républicains neuchâtelois renversèrent le gouvernement royaliste, proclamèrent la République et installèrent un gouvernement démocratique. Ces événements signifièrent de facto la rupture avec le roi de Prusse, qui ne renonça pas pour autant à ses droits. Les puissances européennes confirmèrent ceux-ci par le protocole de Londres de 1852.
Après la révolution de 1848, la situation, à Neuchâtel, demeura tendue. Une forte opposition royaliste, soutenue par la Prusse, faisait face au nouveau gouvernement. Entre le 2 et le 3 septembre 1856, selon un plan du comte Frédéric de Pourtalès-Steiger, les royalistes tentèrent de reprendre le pouvoir et s'emparèrent du château. Les républicains, qui avaient informé le Conseil fédéral, parvinrent à le reconquérir et environ 500 royalistes furent faits prisonniers. Les conseillers fédéraux Constant Fornerod et Friedrich Frey-Herosé, en tant que commissaires, ainsi que le Vaudois Charles Duplan, comme juge d'instruction, furent dépêchés à Neuchâtel. En appelant au traité de Vienne et au protocole de Londres, le roi de Prusse exigea la libération immédiate des prisonniers. Le Conseil fédéral n'accepta d'accorder celle-ci que si Frédéric-Guillaume IV renonçait à ses droits, ce qu'il refusa. Les tentatives de médiation menées par la France et la Grande-Bretagne ayant échoué, la Prusse rompit ses relations diplomatiques avec la Suisse le 13 décembre 1856 et décréta la mobilisation de son armée pour le 1er janvier 1857.
Le Conseil fédéral réagit aux menaces de guerre prussiennes par l'envoi de deux divisions, qui seront par la suite renforcées. Le 27 décembre 1856, Guillaume Henri Dufour fut élu général et, le 30 décembre 1856, Friedrich Frey-Herosé fut temporairement libéré de sa charge de conseiller fédéral et nommé chef de l'état-major général par l'Assemblée fédérale. Bâti sur l'idée que la Prusse occuperait les territoires suisses situés au nord du Rhin, le plan de Dufour se fondait sur une ligne de défense avancée entre Aach (Bade) et Wutach. Le général prussien Karl von der Groeben avait toutefois prévu une poussée en direction de Berne.
Le péril guerrier et la mobilisation déclenchèrent l'enthousiasme en Suisse. La presse, des adresses au Conseil fédéral, des poèmes et des chants (par exemple le Roulez tambours d'Henri-Frédéric Amiel) en appelaient à la cohésion nationale, qui avait été brisée en 1847 par la guerre du Sonderbund. Pourtant la guerre n'éclata pas. A la demande de Napoléon III, la Prusse repoussa la date de sa mobilisation au 15 janvier 1857, avant de l'annuler, après que l'empereur des Français eut obtenu du Conseil fédéral la libération des prisonniers et leur expulsion du pays. Après la conférence tenue par les grandes puissances à Paris en mars 1857, et à laquelle participa Johann Konrad Kern au nom du Conseil fédéral, Frédéric-Guillaume IV renonça à Neuchâtel, par le traité du 26 mai. Il conserva jusqu'à sa mort (1861) le titre de prince de Neuchâtel et comte de Valangin, titre qui ne fut toutefois pas reconnu par la Suisse.
Le fait que la Suisse n'ait finalement pas défendu ses droits par les armes, mais qu'elle ait laissé la diplomatie internationale décider de son destin, fut parfois sévèrement critiqué par l'opinion publique du pays. Une guerre des journaux suivit, entre ceux qu'on appela les Malcontents et les Satisfaits; celle-ci, commencée par les journaux radicaux de la Suisse romande, gagna toute la Suisse.