Les origines de l'affaire de Savoie, qui éclate en 1860, remontent aux discussions par lesquelles l'empereur Napoléon III et Cavour, le représentant du royaume de Piémont-Sardaigne, avaient convenu, en 1858, que la France obtiendrait les provinces de Nice et de la Savoie, en récompense de l'appui qu'elle accorderait au Piémont-Sardaigne pour l'unité italienne (la guerre eut lieu en 1859). La Suisse protesta contre ce plan, craignant la suppression de la neutralité du nord de la Savoie, consacrée par le traité de Vienne et ceux de Paris, signés en 1815, ainsi que par le traité de Turin (1816). Ces textes garantissaient la sécurité de Genève, très exposée, alors que la neutralité savoyarde impliquait, pour la Suisse, le droit d'occuper militairement la Savoie septentrionale en cas de guerre.
Pensant pouvoir spéculer sur le flou juridique qui entourait la neutralité de la Savoie, les autorités helvétiques espéraient que la France céderait à la Suisse le Chablais et le Faucigny. En Savoie et à Genève se forma un mouvement pro-Suisse. Soutenu par des cercles radicaux réunis autour du conseiller fédéral Jakob Stämpfli et par la société d'étudiants Helvétia, ce comité exigea, fort des 13 651 signatures savoisiennes qu'il avait récoltées, le rattachement à la Suisse des territoires constituant la Savoie du Nord. Napoléon III mit un terme à ces spéculations dans son discours du trône du 1er mars 1860, dans lequel il réclama pour la France la Savoie et Nice, sans nommer expressément le Chablais et le Faucigny. Le 19 mars, le Conseil fédéral adressa une note de protestation aux puissances signataires des traités de 1815. Convaincu que la France ne respecterait pas la neutralité de la Savoie, il demanda la tenue d'un congrès international. L'Angleterre et les autres puissances ne répondirent toutefois pas à la requête suisse et Guillaume-Henri Dufour, dépêché auprès de Napoléon III, n'obtint aucune concession territoriale. Le 24 mars 1860, le Parlement de Turin et le Sénat français ratifièrent le traité de cession. Des cercles radicaux exigèrent alors l'occupation militaire du nord de la Savoie par la Suisse. Dans la nuit du 29 au 30 mars 1860, une trentaine de Genevois, sous la conduite du député au Grand Conseil John Perrier, équipèrent un vapeur et se dirigèrent vers Thonon et Evian, où ils comptaient soutenir une insurrection pro-suisse ("équipée de Thonon"). Ce fut un échec. Le 22 avril 1860, une écrasante majorité de Savoyards votèrent en faveur du rattachement à la France.
Très médiatique et très émotionnel, et de plus en plus focalisé sur sa dimension intérieure, le débat relatif à l'affaire de Savoie connut son point culminant avec la parution dans la NZZ de la série d'articles Die tiefern Differenzen in der Savoyerfrage, du conseiller aux Etats zurichois Jakob Dubs. Dans ce texte, Dubs rendait responsable du conflit la situation juridique, très incertaine. Les comptes rendus étaient en fait influencés par l'affaire de Neuchâtel (1856-1857), qui avait été vécue en Suisse comme un succès diplomatique, alors que l'affaire de Savoie entra dans l'histoire comme un échec.