Depuis la fin du XIXe s., il est usuel d'appeler pactes fédéraux les chartes d'alliance des Confédérés, considérées dans leur ensemble ou isolément. Cette expression est quelque peu trompeuse. Elle suggère l'existence d'un groupe distinct d'accords d'un genre particulier qui auraient régi l'institution confédérale sans changement durant des siècles. Il est plus correct de se représenter les nombreuses alliances des Confédérés comme des éléments au milieu d'une multitude d'accords analogues, dont quelques-uns seulement survécurent à long terme, pour se voir attribuer finalement une importance qu'ils n'avaient pas à l'origine. Les "pactes jurés" (geswornen pundtbrief, tel le convenant de Stans de 1481) n'ont reçu qu'après coup la dignité de "pactes fédéraux" historiques.
Au bas Moyen Age, tout détenteur de pouvoir revendiquait le droit de conclure des alliances: les princes, les villes (Alliances urbaines), les chevaliers, les communes rurales. On s'alliait surtout au sein d'une de ces catégories, mais aussi entre princes et villes ou entre villes et communes rurales. Les accords étaient conclus à terme plus ou moins long, renouvelables périodiquement ou "perpétuels", c'est-à-dire sans limitation de durée. Leurs buts dépendaient de la situation du moment. Aux XIIIe et XIVe s., on se souciait surtout d'assurer ses possessions et de maintenir la paix territoriale. Cette époque ignorait les projets à long terme. De toute manière, il ne pouvait être question de "fonder un Etat" par ce moyen, car le pouvoir reposait alors, non pas sur des alliances, mais sur des droits et possessions héréditaires, sur des liens féodaux et sur des privilèges impériaux. Il est faux d'imaginer que les acteurs des premières alliances aient pensé à la future Confédération qui n'advint qu'à la fin du XVe s. En outre, le réseau des alliances confédérales en voie de formation n'était qu'un système parmi beaucoup d'autres, parfois plus anciens, dont plusieurs cantons faisaient aussi partie; ainsi Zurich était allié avec les villes du lac de Constance, Bâle avec celles du Rhin supérieur et Berne était le noyau de la Confédération bourguignonne. Mais tandis que ces systèmes disparurent dans le reste de l'Empire après le milieu du XVe s., le réseau helvétique parvint à se consolider et à survivre.
Les pactes jurés antérieurs au milieu du XVe s. étaient de nature très variée. Les liens entre les parties allaient de l'égalité (alliances des trois Waldstätten en 1291 et 1315) à la tutelle (alliance de Zurich et des Waldstätten avec Glaris en 1352) en passant par le protectorat (extension à Gersau et Weggis, en 1359, de l'alliance de 1332 entre Lucerne et les Waldstättten). La durée en était généralement limitée (à vingt ans par exemple pour l'alliance de Bâle avec Berne et Soleure en 1400), même si les accords "perpétuels" sont plus fréquents en Suisse que dans le reste de l'Empire (alliances entre les huit cantons, combourgeoisie entre les sept cantons de Suisse orientale et Appenzell en 1411). Le contenu allait du simple accord de bon voisinage (par exemple entre Berne et Lucerne en 1421) au traité d'amitié aux clauses détaillées (villes de Berne et Zurich en 1424). On comptait parfois deux signataires seulement (alliance perpétuelle entre Zurich et Glaris en 1408), mais le plus souvent davantage (alliance de Zurich avec les quatre Waldstätten et Zoug en 1352).
On trouve en général dans les pactes les éléments suivants: le droit de demander une aide qui ne peut être refusée (Mahnrecht); le devoir d'entraide mutuelle (éventuellement circonscrit à une certaine aire géographique); le recours à l'arbitrage en cas de conflit entre alliés; la garantie de la paix sur un territoire déterminé (Paix nationales). D'autres dispositions apparaissent occasionnellement: aide mutuelle dans la traque des criminels, procédure en matière de poursuite pour dettes, libre commerce des denrées alimentaires par exemple. Une même formulation peut être reprise plusieurs fois avec des variantes minimes (alliances de Zurich avec Zoug en 1352, avec Glaris en 1408 et 1473, avec Lucerne au renouvellement de 1454).
Dans son ensemble, la Confédération était un réseau complexe de pactes ayant chacun une portée bien définie. Il n'y avait pas de droit confédéral valable pour tous les cantons, mis à part la Charte des prêtres (1370), le convenant de Sempach (1393) et celui de Stans (1481). A partir de 1393, les cantons renouvelaient les serments d'alliance tous les cinq ans environ. La fusion de toutes les alliances dans un pacte unique fut proposée plusieurs fois entre 1481 et le milieu du XVIIe s. (projet de Johann Heinrich Waser), mais toujours refusée. Les cantons préféraient jouer sur la diversité des règles, qu'ils interprétaient selon leur intérêt pour minimiser leurs obligations. Ils étaient en fait autonomes, jouissant d'une souveraineté qui reposait sur des privilèges d'Empire. Dans la première moitié du XVe s., la Confédération encore fragile dut affronter plusieurs crises dangereuses (Siegel- und Bannerhandel" de Zoug en 1404, affaire de Rarogne en 1415-1420, expéditions au sud des Alpes dans les années 1420, guerre de Zurich de 1436 à 1450). Cependant, sa cohésion ne dépendait pas que des alliances. Tout aussi importants étaient le maintien de contacts formels entre membres des élites dirigeantes, notamment dans le cadre de la Diète fédérale, l'existence d'intérêts politiques communs (mais susceptibles d'évoluer rapidement), l'administration à tour de rôle des bailliages communs (dès 1415), ainsi que l'activité des cantons. Il ne faut pas sous-estimer non plus le rôle des traités de paix conclus par les huit cantons et Soleure avec l'Autriche en 1394 (pour vingt ans) et en 1412 (pour cinquante ans).
Un pas décisif vers l'idée d'une structure fédérale constituant aussi une entité territoriale fut accompli lors de la guerre de Zurich, conflit dont l'enjeu politique profond était la solidité de la Confédération. A cette occasion, on se servit des alliances conclues par les huit cantons au XIVe s. pour répondre aux besoins nouveaux du milieu du XVe. Les Schwytzois attribuèrent aux pactes le caractère et l'efficacité de lois fondamentales; à leur point de vue, tout conflit entre cantons pouvait être porté devant un tribunal arbitral confédéral. Pour les Zurichois au contraire, il n'y avait aucune raison de respecter les pactes au-delà de leur lettre et les compétences du tribunal arbitral ne s'étendaient qu'aux matières expressément mentionnées. Une ville d'Empire n'avait à répondre que devant l'empereur, source de toute souveraineté, ou devant la haute cour instituée par lui. La position de Zurich était justifiée par la tradition, mais ne contribuait pas à renforcer la cohésion confédérale. Celle de Schwytz avait les caractéristiques inverses; elle s'imposa et, en 1450, Zurich fut contraint par les autres cantons de rompre ses liens avec l'Autriche et de tenir sa place dans une Confédération désormais consolidée. Il fallait qu'un tel principe triomphe pour que les pactes pussent devenir les bases d'un Etat. Néanmoins, ce ne fut pas la structure fédérale qui assuma le rôle d'Etat au sens moderne, mais chacun des cantons, sur la base des privilèges impériaux transformés en souveraineté sur un territoire déterminé (Seigneurie territoriale).
Vers le milieu du XVe s., les pactes furent aussi mis en relation avec les mythes fondateurs de la Confédération, qui commençaient alors à prendre forme: seules les alliances avaient permis aux Confédérés de se défendre contre le "pouvoir injuste" de l'Autriche, aussi bien lors de la révolte initiale (Guillaume Tell et la "destruction des châteaux") que lors des batailles qui s'ensuivirent, Morgarten (1315), Sempach (1386) et Näfels (1388). La nouvelle rédaction des pactes lucernois, zurichois et zougois (1454), puis glaronais (1473) contribua au déploiement de ce mythe des alliances. Dans les trois premiers, la réserve, dépassée et compromettante, des droits de la maison d'Autriche fut remplacée par celle des droits de l'Empire. Dans le quatrième cas, la tutelle imposée aux Glaronais fut transformée en une alliance sur pied d'égalité. Pour des raisons idéologiques, on conserva aux nouvelles versions les dates d'origine (1332, 1351 et 1352), en oblitérant les réalités du XIVe s.
L'idée du caractère particulier des alliances confédérales se développa en même temps que se concrétisait une conscience nationale. Parmi la multitudes des traités du bas Moyen Age, on ne prêta plus attention qu'à ceux qui survivaient et pouvaient servir à forger une identité. On assigna aux anciens accords des buts conformes non pas aux intentions de leurs acteurs, mais aux préoccupations et à la situation politique du XVe s. Les anciens pactes, y compris celui de 1291, retrouvé en 1758, reçurent une nouvelle signification et furent placés sur un piédestal où ils restèrent même après avoir perdu pratiquement leur validité. C'est ainsi qu'eut lieu le 24 janvier 1798 devant la Diète d'Aarau, moins de deux mois avant la chute de l'ancienne Confédération (Révolution helvétique), une prestation de serment destinée à "montrer à l'étranger la parfaite concorde qui anime tous les membres de la Confédération helvétique".