La peine de mort, ou peine capitale, est une sentence prononcée par le seigneur haut justicier au Moyen Age, puis par l'Etat dès l'époque moderne; il s'agit d'une réaction institutionnalisée face à un comportement considéré comme une violation particulièrement grave de la paix ou de l'ordre juridique. Avec le mouvement des paix territoriales au XIIe s. et la formation du pouvoir des seigneurs temporels et des villes, les peines criminelles prononcées par les autorités supplantèrent de plus en plus les tarifs de composition de l'époque franque (système pénal basé sur le prix du sang et l'amende) et la vendetta. La haute justice inféodée par l'empereur devint un droit seigneurial central exercé par son détenteur sur ses sujets (Tribunaux). Au Moyen Age, la peine de mort jouait à la fois un rôle expiatoire et dissuasif. Les crimes passibles de la peine capitale étaient l'homicide, le brigandage, le vol, le viol, l'adultère et l'incendie intentionnel, ainsi que de plus en plus souvent dès le XIIIe s. l'hérésie et la sorcellerie. Les voleurs étaient pendus (une méthode considérée déshonorante), les meurtriers roués, les incendiaires, hérétiques et sorciers brûlés vifs sur un bûcher, la sentence étant exécutée par le bourreau. On érigea des gibets au bas Moyen Age. Les condamnations par enfouissement vivant et par noyade (dans un sac) étaient réservées aux femmes. La décapitation à l'épée, non déshonorante, était considérée comme un privilège. Si plusieurs crimes passibles de la peine capitale étaient commis, l'accumulation symbolique des sentences ainsi que l'aggravation de la peine, en soumettant auparavant le condamné à la torture (par exemple avec des tenailles), étaient envisageables.
A partir du XVIe s., notamment sous l'influence de la Caroline, la procédure tendit à mieux se structurer, ce qui aboutit à une certaine retenue dans l'application de la peine de mort. A l'époque moderne, les autorités de l'ancienne Confédération utilisèrent la peine capitale principalement comme méthode dissuasive et pour affermir leur pouvoir. Les octrois de grâce furent écartés. Dans les régions protestantes en particulier, la peine de mort fut considérée comme la juste réciprocité du crime, au sens où l'entend la loi du talion de l'Ancien Testament. Les exécutions, de sorcières notamment, augmentèrent au XVIIe s. Après 1715, elles furent généralement effectuées par décapitation à l'épée. En ce qui concerne les méthodes et la fréquence des mises à mort, on ne constate pratiquement aucune différence entre les régions de l'ancienne Confédération jusqu'au XVIIIe s.
Le Code pénal de la République helvétique, adopté en 1799, n'autorisa la peine capitale que sous la forme d'une exécution par décapitation et sans possibilité d'aggravation, en particulier dans les cas de meurtre, de lésions corporelles graves, d'incendie criminel et de crimes contre la Constitution. Après 1805, le droit pénal fut codifié dans la plupart des cantons et la peine de mort disposa dès lors d'une base légale selon les principes de l'Etat de droit (Codification). Les principaux délits passibles de la peine capitale étaient le meurtre, le vol aggravé, les incendies criminels et les crimes graves commis contre l'Etat. La mise à mort se faisait par décapitation. Sous l'influence de Voltaire et de Cesare Beccaria, Jean-Jacques de Sellon, convaincu de l'inviolabilité de la vie humaine, réclama en 1816 devant le Grand Conseil genevois l'abolition de la peine de mort.
Le nombre de crimes punis de mort diminua dans les codes pénaux de la Régénération, en particulier dans le cas de délits politiques. La Constitution fédérale de 1848 proclama l'abolition de la peine de mort pour les crimes politiques. Certains cantons l'abolirent totalement, notamment Fribourg en 1848 (réintroduction en 1868), Neuchâtel en 1864, Zurich en 1869, le Tessin et Genève en 1871, Bâle-Ville en 1872, Bâle-Campagne en 1873 et Soleure en 1874. La Constitution fédérale de 1874 interdit même temporairement dans toute la Suisse l'usage de la peine de mort, mais les cantons récupérèrent en 1879 déjà le droit de légiférer en la matière. Appenzell Rhodes-Intérieures, Obwald et Uri exercèrent ce droit en 1880, Schwytz en 1881, Zoug et Saint-Gall en 1882, Lucerne et le Valais en 1883, Schaffhouse en 1893 et Fribourg en 1894. Ils rétablirent la peine capitale dans les cas de meurtre et de délits créant un danger collectif et ayant entraîné la mort. Dès 1848, la peine de mort ne fut appliquée que très rarement, le condamné étant gracié la plupart du temps. La dernière exécution eut lieu à Sarnen en 1940. Le Code pénal suisse entré en vigueur en 1942 abolit enfin la peine de mort pour les civils. En revanche, le droit pénal militaire la maintint jusqu'en 1992; durant la Deuxième Guerre mondiale, dix-sept membres de l'armée suisse condamnés à mort pour trahison par des tribunaux militaires furent exécutés. En 2002, la Suisse ratifia le treizième protocole additionnel à la convention européenne des droits de l'homme, relatif à "l'abolition de la peine de mort en toutes circonstances"; elle s'engagea également dans le cadre de l'ONU en faveur de cette cause.