Forme de seigneurie qui représente une étape indispensable vers l'avènement de l'Etat moderne et dans laquelle le pouvoir public ne s'exerce pas sur la base de relations personnelles, mais dans un cadre délimité géographiquement. L'expression seigneurie territoriale (all. Territorialherrschaft, Landesherrschaft, Landeshoheit, Obrigkeitsstaat, Territorialstaat) ne figure pas dans les sources. Les chercheurs l'utilisent pour désigner une forme de transition entre la seigneurie médiévale fondée sur des relations asymétriques d'homme à homme et l'Etat d'Ancien Régime qui est une institution définie dans l'espace.
Les seigneuries territoriales se formèrent, entre le XIIIe s. et le début de l'époque moderne, sous la conduite de familles nobles, de villes, d'évêques ou d'abbayes, grâce à un processus dont le déroulement dépend du moment où il s'enclenche, des résistances qu'il rencontre ainsi que des circonstances qui l'entourent, et qui combine l'acquisition de territoires avec la concentration et l'assimilation de droits seigneuriaux de diverses nature et provenance. De nombreux acteurs étaient en concurrence sur ce terrain (nobles, prélats, villes); parmi eux, ceux qui parvinrent les premiers à obtenir des privilèges impériaux (sur la voie menant à l'immédiateté) ou des droits liés à un landgraviat (droit de lever des troupes et des impôts, haute juridiction) s'assurèrent un avantage décisif sur leurs rivaux. On cherchait à dominer son voisin pour ne pas être absorbé par lui.
Pour étendre une seigneurie territoriale et la rendre plus homogène, on cherchait notamment à exercer des droits de haute et basse justices ou de souveraineté militaire, on multipliait les bourgeois forains et les combourgeoisies (Berne, Lucerne, Soleure, Zurich, Schwytz, Appenzell, Glaris), on généralisait le statut de serf (ville de Bâle, abbaye de Saint-Gall), on cumulait divers droits seigneuriaux. On s'efforçait de soumettre des territoires acquis par divers moyens (héritage, achat, prise en gage, garantie de crédit, conquête militaire, protectorat, combourgeoisie) à une administration unifiée et organisée spatialement. En s'appuyant sur les procédures de rédaction des coutumes locales (Offnung, Weistum, ordini) et les enquêtes par turbe, les statuts juridiques existants ou prétendus furent systématiquement relevés, mis par écrit, puis généralement retravaillés et unifiés par des juristes dans les chancelleries centrales. Cette méthode fut appliquée dès le XIIIe s. au Tessin et en Suisse romande par les Visconti, ducs de Milan, par les évêques de Milan et de Côme, ainsi que par les comtes de Savoie et de Neuchâtel, puis par les évêques de Lausanne et de Sion, suivis au XIVe s. par les Habsbourg (pour leur rentier de 1303-1307) et au XVe s. par les cantons-villes et par de grandes abbayes comme Saint-Gall. L'administration incombait à des fonctionnaires sachant écrire et rétribués (châtelain, bailli, Kastlan, podestà, vicario, Bailliages).
Pour s'assurer le respect de tous, le seigneur territorial exigeait de ses sujets un serment d'obéissance (Hommage); il établissait une hiérarchie judiciaire (système de cours d'appel) et promulguait des mandats (lois de police) qui prétendaient imposer, dans un nombre croissant de domaines, des règles valables pour toute personne résidant sur le territoire, indépendamment des statuts juridiques individuels. Ses activités administratives, financées par des revenus traditionnels (redevances, péages, amendes) et par de nouveaux impôts, généralement indirects (ohmgeld), sont connues grâce à divers documents (rôles fiscaux et militaires, livres de serments et de police).
La formation des seigneuries territoriales se heurta à l'opposition de seigneurs fonciers (nobles, ecclésiastiques, petites villes) qui, mis hors course, s'accrochaient à leurs droits (tels les Bernois impliqués dans la querelle des seigneurs justiciers ou Twingherrenstreit" de 1470). Des communes rurales défendirent leur autonomie lors des nombreuses révoltes paysannes et conflits sociaux qui éclatèrent entre le XVe s. et la guerre des Paysans de 1653. Dans la phase précoce de leur formation, les seigneuries territoriales entrèrent aussi en conflit les unes contre les autres (luttes entre les cantons confédérés et les Habsbourg aux XIVe et XVe s.).
Dans les pays qui adoptèrent la Réforme, les seigneurs territoriaux prirent le contrôle des affaires ecclésiastiques non seulement sur le plan matériel (biens sécularisés), mais aussi dans le domaine social (assistance, écoles), judiciaire (consistoire) et fiscal (dîmes). Dans le Saint Empire, les seigneuries territoriales correspondaient aux membres de l'Empire; en Suisse, elles aboutirent aux cantons souverains, dont le grand nombre sur un petit espace (cantons citadins), et même la simple existence, dans le cas des cantons campagnards, est un phénomène original dans l'histoire européenne. La Confédération dans son ensemble se présentait comme un territoire cohérent, mais elle restait en fait un système d'alliances entre cantons largement autonomes, chacun maître chez lui, qui ne se souciaient nullement d'élaborer une seigneurie territoriale fédérale. Dans leurs bailliages communs, les Confédérés allèrent moins loin dans l'unification administrative que dans les territoires sujets d'un seul canton.